猪流感(SI)是由A型流感病毒引起的一种急性、传染性呼吸道疾病,其临床症状表现为咳嗽、呼吸困难、发热及衰竭;虽然该病的死亡率不高,但其影响猪的发育,延缓猪的生长及出栏时间,给养殖业带来重大经济损失;同时猪被认为是流感病毒的“中间宿主”和“混合器”,可同时感染禽流感病毒(AIV)和人流感病毒,并可重组产生具有新遗传特性、致病性的具有大流行潜力的新病毒。因此,开展猪流感病毒(SIV)的监测和遗传进化分析,对猪流感的防控及人间流感大流行的预测具有重要意义。本研究对2013-2014年宁夏11个市25个规模猪场采集的920份血清样品和920份双鼻孔拭子进行血清学和病原学检测。血清学检测结果显示,H1N1、H3N2亚型SIV抗体阳性率分别为21.2%和2.6%,H1N1+H3N2抗体阳性率为0.65%;病原学检测结果显示,SIV阳性样品128份,阳性率13.9%。随后,于2013-2014年走访宁夏22个市的养猪场、屠宰场及部分散养户,采集猪血清样品及双鼻孔拭子,进行血清学、病原学检测。血清学检测结果显示,1710份被检血清中,H1亚型SI抗体阳性率(11.81%)明显高于H3亚型SI抗体阳性率(0.46%),H1+H3亚型SI抗体阳性率为0.35%,H5、H9亚型抗体阳性率分别为0.06%和0.18%;病原学检测结果表明,4230份双鼻孔棉拭子样品中,588份为SIV阳性,阳性率13.9%。监测结果说明宁夏地区流行的SIV以H1N1亚型为主,同时存在H1N1和H3N2亚型混合感染和SIV隐性带毒情况。为了研究宁夏地区猪流感病毒遗传进化特性,对分离到的5株H1N1亚型SIV和4株H3N2亚型进行了M2基因遗传进化分析。结果显示,5株H1N1亚型SIV中,4株病毒属于北美H1N1 SIV分支,1株病毒属于类人H1N1 SIV分支,说明宁夏流行的H1N1亚型SIV具有遗传多样性。分离的4株H3N2亚型SIV均属于类人H3N2 SIV,与广东、福建分离株同源性较高。为了进一步研究H1N1亚型SIV的遗传进化特征,对2011年分离的5株H1N1亚型SIV进行了基因组扩增、遗传进化分析、关键氨基酸位点分析。结果表明,5株H1N1亚型SIV具有遗传多样性,1株病毒属于类人H1N1 SIV分支,2株病毒属于经典H1N1 SIV分支,2株病毒为北美三源重组SIV(PB2、PB1、PA、NP、NS基因)与经典H1N1 SIV(HA、NA、M基因)的重组病毒。5株H1N1病毒受体结合位点处氨基酸存在差异,且抗原位点处氨基酸具有分支特异性,其中,3株病毒具有PB2 E627K变异。为了满足猪流感病毒检测的需求,本研究建立了SIV通用型RT-PCR方法、H1和H3分型RT-PCR方法,以及焦磷酸测序方法。通用型RT-PCR方法对SI阳性样品的扩增条带231bp,具有很好的特异性和重复性。分型RT-PCR方法可同时鉴定H1、H3、N1、N2亚型SIV,具有较好的特异性和重复性。焦磷酸测序反应以通用型RT-PCR扩增产物为模板,测序区域覆盖猪流感病毒M2基因金刚烷胺耐药性相关位点,可用于病毒抗药性的快速鉴定。本研究对宁夏地区SIV进行系统监测,并对分离株进行遗传进化分析、关键氨基酸位点分析,研究结果丰富了我国猪流感病毒流行病学数据库,加深了对宁夏地区猪流感流行现状的了解,为我国猪流感的科学防控提供理论基础。