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目的：调查致龋相关变形链球菌(Mutans Streptococci, MS)在喀什封闭维吾尔族不同龋敏感儿童口腔菌斑中基因型分布状况,初探其与低龄婴幼儿龋(EarlyChildhood Caries, ECC)相关性,为儿童龋病病因学研究提供依据。方法：以24～71个月龄维吾尔族封闭人群儿童为研究对象,选符合取样标准的32例重度婴幼儿龋患儿(S-ECC组),32例无龋儿童(CF组),收集口腔菌斑样本行选择性细菌培养,根据形态学特征分离并分子生物学方法进一步鉴定变异链球菌(Streptococcus mutans,Sm)及远缘链球菌(Streptococcus sobrinus, Ss),利用随机引物聚合酶链反应(Arbitraryprimed-PCR, AP-PCR)对两种人类致龋相关变异链球菌属临床分离株基因组DNA行基因型分析。结果：两组儿童Sm检出率为82.8%(53/64), Ss检出率为29.7%(19/64), Sm及Ss检出率在两组间差异无统计学意义(P>0.05)。SECC及CF组个体Sm基因型分别为1～6种及1～5种,Ss基因型为1～3种。S-ECC组中携带一种以上Sm基因型的个体占75%,携带一种以上Ss基因型的个体占15.7%；CF组携带一种以上Sm基因型的个体占59.4%,携带一种以上Ss基因型的个体占12.5%。S-ECC变形链球菌基因多态性显著高于CF组(P<0.05)。Sm基因型数与dmft呈正相关(r=0.439, P<0.05)。Logistic回归分析Sm及Ss基因多态性与不同龋敏感性关系,发现Sm基因多态性对疾病的发生影响是有统计学意义的(B=0.404>0, P<0.05=。结论：Sm, Ss在封闭维吾尔族不同龋敏感儿童菌斑检出率无明显差异,Sm, Ss临床菌株间存在基因多态性且SECC组基因型数显著高于CF组,个体携带Sm基因型种类数与其致龋性之间存在相关性而与携带Ss基因型数无明显相关性。个体携带Sm基因型越多,可能会增加患龋危险。