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目的:探讨艾滋病合并耶氏肺孢子菌肺炎(AIDS-PCP)患者肺孢子菌(Pneumocystis jirovecii,PJ)基因多态性与临床预后的相关性。方法:纳入浙江大学医学院附属第一医院2016年9月-2018年7月收治的160例AIDS-PCP患者。在入院时根据知情同意原则分别留取80例患者血液标本、80例唾液标本。根据巢式PCR对80份血液中PJ线粒体核糖体大亚基RNA(mtLSU rRNA)基因扩增的结果将患者分为PJ-DNA 阳性组和PJ-DNA阴性组,用Kaplan-Meier方法分析两组生存率差异;用实时荧光PCR对PJ-DNA 阳性组的mtLSU rRNA基因定量分析其存活者和死亡者的基因载量差异,并作基因分型分析不同基因型间病死率的差异。根据治疗后生存情况将8 0例收集血液的患者分为存活组和死亡组,分析两组患者的基本信息和临床数据,并用Logistic回归分析患者死亡的独立危险因素。利用巢式PCR对唾液中PJ mtLSU rRNA、二氢叶酸还原酶(DHFR)、二氢叶酸合成酶(DHPS)、细胞色素b(CYB)、超氧化物歧化酶(SOD)基因进行扩增并测序,分析PJ基因多态性与临床预后相关性。结果:80例收集血液的患者中PJ-DNA 阳性组(n=20)生存率显著低于PJ-DNA阴性组(n=60)(P≤0.001);血液PJ-DNA 阳性的AIDS-PCP患者死亡组(n=1 1)的基因拷贝数显著高于存活组(n=9)(P=0.006);mtLSU rRNA基因1型死亡率(8/9)高于基因3型(1/9)(P=0.003)。logistic回归分析发现乳酸脱氢酶(OR=1.303,95%CI:1.063-1.597,P=0.011)、血氧分压(OR=1.035,95%CI:1.001-1.069,P=0.042)、白蛋白(OR=0.997,95%CI:0.995-0.999,P=0.01)和血液 PJ-DNA 阳性(OR=62.474,95%CI:7.249-538.460,P≤0.001)是AIDS-PCP患者死亡的独立危险因素。80例收集唾液的患者中分别有30例mtLSU rRNA、26例CYB b、18例SOD、18例DHFR、18例DHPS基因成功扩增并测序,其中mtLSU rRNA、CYB b、SOD基因具有较高的基因多态性,DHFR、DHPS 突变率低。mt85C,CYB1,SOD1,DHFR312T(n=4;22.22%)基因组合较常见;mt85T,CYB1,SOD I,DHFR312T基因组合与较差的临床预后相关。结论:AIDS-PCP患者的血液PJ基因较高载量及mtLSU rRNA基因1型与较高的病死率有关;PJ基因mt85T,CYB1,SOD1,DHFR312T基因组合与较差临床预后相关。