侵染共同寄主本氏烟时RSV和TSWV帽子序列谱的测定和比较

来源 :福建农林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yudsly2001
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
为给自身mRNA添加帽子结构,布尼亚病毒先从帽子结构下游10-20个碱基处切割寄主mRNA,然后以5’端切割产物(帽子序列)为自身模板链的转录引物,使每条病毒mRNA分子在5’端含一段来源于寄主mRNA的帽子序列,这一过程被称为抓帽。布尼亚病毒目(Bunyavirales)含12个科、46个属、287个正式成员。相关学者已对多种布尼亚病毒的抓帽机制进行了分析,但还很少对不同布尼亚病毒进行比较研究。
  水稻条纹病毒(Rice stripe tenuivirus,RSV)和番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt tospovirus,TSWV)是两种重要的植物布尼亚病毒。RSV是白纤病毒科(Phenuiviridae)、纤细病毒属(Tenuivirus)的代表种,TSWV是番茄斑萎病毒科(Tospoviridae)、正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)的代表种。本研究对RSV和TSWV侵染本氏烟时的帽子序列分别进行了高通量测序,并将部分所得帽子序列Map到了本氏烟mRNA的5’端。分析表明:
  (1)RSV抓取的帽子序列3’端碱基为A或C,与病毒基因组3’端的U1/U3或G2/G4互补,TSWV抓取的帽子序列3’端碱基为A或G,与病毒基因组3’端的U1/U3或C2/C4互补,表明两种病毒在抓帽过程中都遵循“碱基配对”原则。然而,RSV3’端为A和C的帽子序列占比分别在39-43%和57-61%之间,TSWV3’端为A和G的帽子序列占比分别在65-67%和33-35%之间,表明RSV偏好与其基因组G1/G4配对的帽子序列,而TSWV偏好与其基因组U1/U3配对的帽子序列;
  (2)RSV和TSWV抓取的帽子序列长度都集中在10-20个碱基之间,但RSV帽子序列长度峰值在11-14个碱基,这一范围内帽子序列占比分别为17%,22%,20%和14%,TSWV帽子序列长度的峰值在13-16个碱基,这一范围内帽子序列占比分别为17%,23%,20%和13%,表明两种病毒对帽子序列长度的偏好性不同;
  (3)RSV和TSWV在抓帽过程中都使用引发与重配机制,且在帽子序列较短或3’端为C/G时使用该机制的频率更高。但是,RSV使用引发与重配机制的平均频率为51%,而TSWV只有20%;另外,两种病毒在合成不同mRNA时使用引发与重配机制的频率不同,但RSV是在转录毒义链时比在转录负义链时使用引发与重配的频率更高,而TSWV是在转录M链时比在转录S链时使用引发与重配的频率更高;
  (4)从获得的序列推测,RSV和TSWV分别可以从239,042和205,714种不同的本氏烟mRNA(同一基因可以表达多种含不同帽子序列的mRNA)抓取帽子序列。其中,RSV和TSWV都可以抓帽的mRNA为134,623种。从这些“共享”mRNA抓取的帽子序列在RSV和TSWV总帽子序列中的占比分别为89%和92%,表明两种病毒都集中从一些“共享”mRNA抓帽。
  本研究首次比较了不同科的布尼亚病毒侵染同一寄主时的抓帽情况,这为进一步认识和研究布尼亚病毒的抓帽机制奠定了重要的基础。
其他文献
我国大豆需求量大,种植结构矛盾突出,使得大豆生产能力下降,施入外源有机物料是提升土壤肥力,提高大豆生产能力的关键。目前关于长期定位有机培肥对连作大豆的有机碳库特征研究较少,为探明长期连续施用有机物料对土壤固碳及有机培肥的影响,本试验于2010年开展了长期定位试验,选取植物残体和腐熟畜禽粪便两大类有机物料,共设置7个处理,分别为秸秆(CS)、树叶(LE)、牧草(GR),鸡粪(ChM)、牛粪(CM)、
学位
2-氯-6(三氯甲基)吡啶(简称CP)是应用较早的一种硝化抑制剂,合理使用可以提高作物产量,减少氮的淋失,降低温室气体排放,目前已经得到广泛的推广使用。但由于CP存在易挥发、易光解,特别是应用于高有机质的土壤时,易被土壤有机质吸附而降低有效性等问题,有必要通过开发新剂型的方式提高CP有效性。本文通过模拟实验、培养实验和田间试验,研究了CP在高有机质含量黑土上有效性降低的机理,探索了通过制备CP新剂
作为吉林省西部耕地主要土壤类型,黑钙土潜在肥力高,抵御干旱能力弱,覆膜滴灌是开发其农田生产潜力的最佳途径,为使黑钙土达到增碳培肥效果,优质有机物料投入必不可少。不同种类有机物料对于土壤培肥效果存在较大差异,因此对于有机物料缺乏的黑钙土区寻求最适宜培肥的物料种类至关重要。本研究以黑钙土为主要研究对象,以固化秸秆颗粒(Ps)、玉米秸秆粉末(Pr)、腐熟羊粪(M)和黄腐酸(BFA)为供试有机物料种类,采
学位
环境污染是人类生存与发展的重要障碍之一,它不仅破坏了自然环境的结构与平衡,而且严重影响了人类的健康,因此环境污染研究引起了人们极大的关注.近年来,由于工业"三废"所引起的重金属污染和酸沉降已严重的破坏了地区的生态平衡.该文以辽宁省葫芦岛锌厂周围污染土壤为研究对象,分析了S和重金属Cd、Pb、Cu、Zn五种污染元素的含量、污染状况;有效S与土壤化学性质的关系;重金属Cd、Pb、Cu、Zn五种形态分布
化学农药大量不合理使用带来的环境、食品安全等问题日益严重,开发安全、高效、低毒的生物农药是解决这一问题的有效途径。从微生物中发现高活性的农药活性物质和先导是新农药创制的关键。链霉菌135菌株(Streptomycessp.135)是陕西省生物农药工程技术研究中心从青藏高原地区分离的一株具有较高抑菌活性的生防菌,特别是对小麦全蚀病具有很好的防治效果,表现出开发为生防制剂的潜力,但其生防机理还不明确。
马铃薯(Solanum tuberosum L.)被认为是全球第四大粮食作物和主要的非谷物作物。由致病疫霉菌(Phytophthorainfestans)引致的晚疫病是世界上毁灭性的马铃薯病害,威胁马铃薯的可持续生产。利用品种抗病基因(R)是晚疫病防控的最有效方法。然而,由于抗病资源较少,并且致病疫霉菌的毒性变异能力强,导致品种抗病性的丧失问题突出,使得晚疫病防控高度依赖杀菌剂的应用。本研究采用了
小麦条锈病是影响我国小麦安全生产的重大病害之一。条锈菌致病性频繁变异,导致品种抗锈性不断“丧失”,常常引发病害流行,造成巨大损失。因而,开展小麦抗条锈机理研究,寻找条锈病可持续控制新策略,对条锈病可持续控制具有重要意义。WRKY作为一类超级家族转录因子,在调控植物防卫反应基因的表达,从而抵御病原菌中发挥重要作用。然而,参与小麦抗条锈病过程的关键WRKY转录因子及其转录调控机制并不明确。由于小麦基因
现代农业离不开农药,但由于长期过分依赖农药,导致严重污染环境,特别是土壤中的农药残留,往往因其持久性而积累土壤,继而可能进入食物链,产生更大的毒害问题。因此,实施有效且对环境安全的方法修复土壤的农药污染不仅有必要,也是社会的迫切需求。近年来,利用植物修复去除土壤污染物作为一种有效的手段,受到人们青睐,已成为环境中污染土壤修复的研究焦点。拟除虫菊酯类杀虫剂氯氰菊酯在全球范围内长期、广泛的用于控制多种
学位
链格孢属(Alternaria)真菌引起的人参黑斑病是我国人参生产上的重要病害之一,严重影响人参的品质和产量。迄今,关于吉林省人参黑斑病病原菌种类及其生物学特性等方面尚缺乏较系统的研究。本文对吉林省15个人参主产区人参黑斑病进行了调查,采集病害标本,根据形态学及多基因系统发育分析对病原菌进行鉴定,比较不同病原菌的致病力及生物学特性差异,并进行了三种药剂对人参黑斑病的防治效果研究。主要结果如下:  
桃蚜(Myzuspersicae)是世界范围内危害经济作物最严重的害虫之一,除了对作物造成直接损害,还可以通过传播植物病毒病对作物造成间接损害。当前,化学防治仍是桃蚜防治的主要策略,但由于农药的长期大量使用,已使桃蚜对包括有机磷、氨基甲酸酯、拟除虫菊酯和新烟碱类等在内的多种杀虫剂产生抗性。在此背景下,新型杀虫剂的开发和应用将为桃蚜有效防治提供保障。氟吡呋喃酮、氟啶虫胺腈和环氧虫啶作为三种新型的新烟
学位