甲硝唑特异性适配体的筛选和应用

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甲硝唑是一种硝基咪唑衍生物药物,凭借其出色的抗菌性能而闻名,对滴虫、阿米巴原虫和厌氧菌有效,然而过度使用甲硝唑会有致畸、致癌和引发神经中毒的风险。因此,有必要开发一种具有高灵敏度和高选择性的甲硝唑测定方法。适配体是具有独特性质的单链寡核苷酸序列,可以折叠成特定的3D结构特异性结合各种靶标。适配体是通过化学合成方法制造的,因此不会诱导免疫原性,并且可以进行化学修饰以提高稳定性或实现标记,这样可以实现可重复、廉价和快速的生产。适配体选自含有约1015个不同序列的寡核苷酸文库,通过指数富集的配体系统进化技术(SELEX)筛选适配体。SELEX由重复的筛选和扩增组成,在每个循环中,保留、回收和扩增对靶标具有特定亲和力的寡核苷酸。在10-15个循环后,SELEX就可以得到一个由与既定的靶标结的寡核酸序列组成的富集文库,其中结合亲和力强并且特异性良好的最优序列最终可以称为适配体。适配体的截短是提高亲和力并降低检测成本的有效策略,原始适配体在应用时序列太长,因此需要进一步优化获得更高效的适配体。基于固定DNA文库的磁珠-SELEX技术,从全长为79nt的随机ssDNA文库中筛选出甲硝唑特异性适配体,选择四个富集度高并且富含保守序列的代表性适配体进行结构模拟和亲和力测试,其中亲和力高特异性良好的AP32被选作进一步优化的最佳适配体。通过二级结构分析、分子对接和亲和力评估截短适配体的结构性质,进行了多种方案的截短试验,研究适配体截短前后亲和力和结构特征的变化。在亲和力变化不大的情况下,逐步去除AP32中的冗余核苷酸。按照这样的策略,最终得到长度仅为15 nt的最优截短适配体AP32-4。最优截短适配体的解离常数为77.22±11.27 nM,几乎等于原始适配体AP32,并且验证了其对甲硝唑的特异性。基于适配体AP32-4构建的甲硝唑荧光生物传感器,借助核酸外切酶辅助的靶标循环扩增,成功地应用于溶液中甲硝唑的实际检测。氧化石墨烯(GO)因其出色的吸附ssDNA能力和淬灭荧光的特性被广泛用于SELEX过程和基于适配体的生物传感器的构建。生物传感器以氧化石墨烯作为载体吸附修饰荧光基团的适配体。在甲硝唑存在时,其与适配体AP32-4结合从氧化石墨烯表面脱落,随后核酸外切酶RecJf将脱落的适配体完全水解,然后释放甲硝唑结合其他适配体而开始新的循环,从而实现靶标循环。通过检测条件的优化提高了测定甲硝唑时的灵敏度,最后将该生物传感器用于检测蜂蜜样品中的甲硝唑,生物传感器检测的线性检测范围为25-800 nM,检测极限为10.50 nM,回收率从98.25%到102.1%,相对标准偏差(RSD)从3.92%到5.08%,参数表明所提出的方法分析含有甲硝唑样品是可靠的。因此,本文设计的方法可用于实际样品中甲硝唑定量。
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