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香菇（Lentinula edodes）是我国最早人工驯化栽培的一种著名食用菌，目前我国虽然是香菇生产大国，但我国香菇菌株鉴别技术落后，一直未实行香菇品种登记制度，品种多样性存在争议，品种知识产权得不到真正的保护。 拮抗（antagonism）、同工酶（isozyme）、核糖体转录单位内部基因间隔（intergenic spacer，IGS）和随机扩增多态性（random amplified polymorphic DNA，RAPD）是香菇菌株鉴别中经常使用的技术，它们各有优缺点，目前尚没有关于这几种技术在香菇品种鉴别中的综合分析的报道。微生物菌株鉴别研究表明，一种鉴别技术往往很难达到理想的鉴别效果，而几种技术综合使用可以明显提高鉴别力（discriminatory power，D）。同时ISSR（inter simple sequence repeats）作为一种新兴的分子标记技术，尚未应用到香菇的菌株鉴别中。 本研究的目的是探讨ISSR技术在香菇菌种鉴别中应用的可能性；比较分析拮抗、同工酶、IGS、RAPD和ISSR在香菇菌株鉴别中的应用；分析我国香菇品种的遗传多样性。 对我国香菇栽培品种进行调查，收集41个主要栽培菌株和2个野生菌株，分别利用拮抗、同工酶、IGS、RAPD和ISSR进行菌株鉴别和聚类分析，结果表明：过氧化物酶、多酚氧化酶和酯酶三种同工酶中，酯酶（EST）同工酶多态性最好，可以将43个供试菌株分成19个类型，D为0.910；RAPD可以将43个供试菌株分成20个类型，D为0.932；IGS1可以将43个供试菌株分成9个类型，D为0.844；SR1可以将43个供试菌株分成10个类型，D为0.697；IGS2可以将43个供试菌株分成12个类型，D为0.781；ISSR可以将43个供试菌株分成23个类型，D为0.942。因此，这几种技术的分辨力的高低依次是ISSR、RAPD、EST、IGS1、IGS2、SR1。 如果将ISSR、RAPD、EST、IGS1、IGS2和SR1六种方法的结果综合分析，可以将43个供试菌株分成29个类型，D为0.967。同样，ISSR、EST和IGS2这三种方法的结果综合分析也能获得相同的效果（将43个供试菌株分成29个类型，D=0.967）。因此，从分辨率的角度来说，ISSR、EST和IGS2这三种方法综合使用比较适合香菇的菌株鉴别。从稳定性和重复性的角度来看，IGS1、IGS2和SR1三者的稳定性和重复性最好，其次是ISSR和EST，而RAPD的稳定性和重复性较差。 43个菌株仅能分成29种类型，说明中国香菇栽培菌株之间存在一定的同物异名现象。以两个野生菌株作为对照，聚类分析表明，29个类型菌株间有明显的遗传差异，说明我国的香菇栽培菌株遗传多样性很丰富。