控制Rt-qPCR中非特异性扩增的初步研究

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目的:  1.寻找规避引物二聚体产生的一种引物设计策略。  2.总结第二种生成引物二聚体的重要方式。  3.检测自制优化试剂对控制RT-qPCR非特异性扩增的效果。  4.用乙肝病毒DNA定量检测体系验证控制非特异性扩增方法的效果。  方法:  1.手工设计具有从5到3上连续多个碱基相同的引物对,采用无模板SG-Ⅰ(SYBR Green-Ⅰ)RT-qPCR测试它们抑制引物二聚体合成的规律,探究能够规避产生的引物二聚的优化设计方案,并在天然序列的引物设计过程中进行验证。  2.利用DNAMAN3.0和Primer Premier5.0等软件,依据天然模板的核苷酸设计存在连续多个碱基反方向互补的引物对。采用无模板SG-Ⅰ RT-qPCR测试它们促进引物二聚体合成的规律,探索第二种产生引物二聚体的主要机制。  3.依据引物的核苷酸设计与它们的3末端反方向互补的短寡核苷酸人工序列,然后测试它们经过高温-低温-中温循环处理后对引物二聚体的桥接作用,验证生成引物二聚体的第二种主要的机制。  4.采用传统的纳米颗粒制作工艺合成控制RT-qPCR非特异性的试剂,利用SG-ⅠRT-qPCR测试其对特异性和引物二聚体累积的影响。  5.配制多种铵盐液,验证其对RT-qPCR控制非特异性的作用。  6.采用中间偏3末端从5到3多碱基相同的方案设计引物,建立经济、简便的SG-Ⅰ RT-qPCR乙肝病毒DNA定量检测的高灵敏度体系。  7.以249例临床血清样本为实验的对象,通过2种化学方法:本实验室新建的SG-Ⅰ法和已经投入临床应用的Taq Man法RT-qPCR,根据各自的标准曲线获得两方法的原始浓度,评价SG-Ⅰ RT-qPCR定量新体系。  8.统计学处理:使用SPSS15.0对数据进行统计和分析,针对配对资料采取卡方检验。  结果:  1.测试人工设计的引物(寡核苷酸链)对后发现:上/下游引物含有的核苷酸在从5到3(都是5-3)完全相同的引物对有83.3%(10/12)可以在45个循环中不合成引物二聚体;连续多个碱基从5到3相同的位置在偏3末端(Ct值为39~42)和在3末端(Ct值>42)可以规避生成引物二聚体,后者的抑制作用更明显。  2.下游引物的3末端连续有6个碱基与上游引物的5末端或中间的6个碱基连续的反方向互补时均不会抑制引物二聚体的合成(Ct值<32)。  3.短寡核苷酸经过预处理之后对引物二聚体的合成有干扰,高温预处理后则有桥接、促进的作用(Ct值<26)。  4.Home-made纳米颗粒溶液和各种铵盐溶液表现为不阻碍特异性(△Ct≈0)兼顾控制非特异性(△Ct>0)。  5.本实验室构建的SG-Ⅰ RT-qPCR HBV DNA定量检测方法对实验样本的的检验结果与对比方检验结果无统计学差异(P>0.05)。且它的灵敏度更高(100拷贝是检测限),价格更低廉,检测的线性范围(Ct值为12~40)更宽。  结论:  1.提出新的一种优化引物设计的方案:上/下游引物从5到3存在连续多个碱基一样,可以规避引物二聚体障碍,且实际中有可行性。  2.引物二聚体的生成存在第二种主要方式。  3.自制纳米颗粒和铵盐控制非特异性。  4.控制非特异性扩增的体系可以应用到SG-Ⅰ RT-qPCR定量外周血HBV DNA。
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