“另案处理”作为刑事案件分案处理的一种方式，它广泛存在于公诉案件的整个刑事诉讼过程中，如在侦查阶段，公安机关因部分犯罪嫌疑人在逃、重病等原因而将共同犯罪案件分开，对于未进入侦查程序或者未被移送审查起诉的部分叫做“另案处理”；在审查起诉阶段，检察机关或出于公诉的需要，自行作出分案决定，对某些犯罪嫌疑人作“另案处理”，或依照法律规定将涉及未成年人与成年人共同犯罪的案件进行分案处理，从而对未成年人作“另案处理”；在审判阶段，法院出于对不当合并审判之救济的考虑，依据控辩一方的申请，作出分案决定，从而对共同犯罪中的某些被告人作“另案处理”。“另案处理”本身并不是一个法律术语，现目前的法律及相关规定对其也未有一个明确的定义，究其本质来看，“另案处理”是分案诉讼的结果，是共同犯罪案件分案处理的一种方式。实务中，出于查清案件事实的需要，实现诉讼便利、节约司法资源的目的，对共同犯罪案件频繁地广泛地适用了“另案处理”，但由于相关法律比较匮乏等原因，出现了诸多“不该分而分”、“该分而不分”的例子或是一些“另案处理”案件降格处理甚至最终不理的案件。笔者立足于自身的公诉工作，对公诉案件中的另案处理进行系统的研究，就另案处理在刑事诉讼过程中存在的问题及原因进行分析，并结合笔者所在地区的一些经验做法，提出完善另案处理的一些对策和设想。全文分以下四个部分进行探讨：第一章另案处理概述。本章主要阐述了另案处理的概念、理论基础及公诉案件中另案处理的一些基本规律，结合数据对另案处理的理由进行了分类。第二章公诉案件另案处理存在的问题。本章从实际出发，发现另案处理在刑事诉讼过程中所存在的一些具体问题，主要表现在另案处理案件适用随意性大、侵犯当事人的知悉权、引发司法不公和司法腐败以及影响法院公正裁判。第三章深刻剖析另案处理存在问题的原因。分案机制的不合理是问题产生的根源，其他的如公安机关内外监督机制缺失、检察机关法律监督不到位等也是诱发其问题产生的主要原因。第四章另案处理的制度完善。本章中笔者主要是站在检察机关的角度，结合笔者所在地区的一些经验做法，就完善另案处理机制提出几点建议。主要包括完善法律，加强侦查机关自身制约机制，建立检察机关内部监督管理机制以及对另案处理的救济措施。