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目的评价结核分枝杆菌抗原胶体金法和涂片形态学特征初步鉴别临床分离分枝杆菌菌种的应用价值；分析临床分离非结核分枝杆菌（NTM）菌种，探讨福建省NTM临床分离率和菌种分布情况。方法应用涂片形态学特征和结核分枝杆菌抗原胶体金法对3681株临床分离分枝杆菌进行结核分枝杆菌复合群（MTBC）与NTM鉴别并与传统PNB法结果进行比较；应用hsp65-和rpoB-PCR-RFLP对鉴别出的NTM菌株进行菌种鉴定。结果3681株临床分离分枝杆菌共鉴别出405株NTM，NTM临床分离率为11.0%。以传统PNB/TCH鉴别培方法作为金标准，应用涂片形态学特征鉴别MTBC与NTM的符合率为98.9%、敏感度为98.4%（3225/3276）、特异度为95.8%（388/405）、阳性预测值为99.97%和阴性预测值为91.2%；结核分枝杆菌抗原胶体金法的符合率为98.2%、敏感度为98.8%（3237/3276），特异度为99.7%（404/405）、阳性预测值为99.5%和阴性预测值88.4%；结合两种方法进行判断，当两种方法均为阳性，可报告菌株为MTBC，其阳性预测值为100.0%；两种方法均为阴性，可报告NTM，其阴性预测值为100.0%。鉴别出的405株NTM菌株，经hsp65-和rpoB-PCR-RFLP鉴定，菌种分布达24个种，其中胞内分枝杆菌（M.intracellulare）173株（42.72%），鸟分枝杆菌（M.avium）88株（21.73%），脓肿分枝杆菌（M. abscessus）55株（13.58%），戈登分枝杆菌（M. gordonae）28株（6.91%），马赛分枝杆菌M. massiliense亚种19株（4.69%），偶发分枝杆菌（M. fortuitum）9株（2.22%），缓黄分枝杆菌（M.lentiflavum）6株（1.48%），马赛分枝杆菌（M. marseillens）5株（1.23%），苏尔加分枝杆菌（M. szulgai）3株（7.41%），摩纳哥分枝杆菌M. saskatchewanense亚种、首尔分枝杆菌（M. seoulense）、脓毒分枝杆菌M. shimoidei亚种和三重分枝杆菌（M. triplex）各2株（0.49%），支气管戈登菌（Gordonia bronchialis）、龟分枝杆菌（M. chelonae）、哥伦比亚分枝杆菌（M. colombiense）、日内瓦分枝杆菌（M.genavense）、荷斯坦分枝杆菌（M. holsaticum）、堪萨斯分枝杆菌（M. kansasii）、熊本分枝杆菌（M. kumamotonense）、缓黄分枝杆菌M. mantenii亚种、摩纳哥分枝杆菌（M. monacense）、脓毒分枝杆菌（M. septicum）和脓毒分枝杆菌M.stomatepiae亚种各1株（0.25%）。结论涂片形态学和结核分枝杆菌抗原胶体金两种方法是鉴别MTBC与NTM的快速、简便、准确的方法，两者联合使用,可提高菌种鉴定的准确性,适用于分枝杆菌培养物的初步鉴定。2009-2010年福建省NTM临床分离率为11.0%，NTM种类多，以鸟-胞内分枝杆菌复合群（MAC）为福建省NTM的主要流行菌种，占总数的64.45%。