环境保护“功在当代,利在千秋”,环境保护问题不仅与我们此辈相关,更关系到未来人类的生存空间。鉴于污染行为的社会危害性与影响的深远性,解决污染环境罪司法适用中存在问题的必要性也在逐步提高。根据裁判文书网的数据,2016年至2020年五年间年均案件数已超过1500件。司法实践中对污染环境罪的大量运用并不意味着该罪名已臻于完美、毫无漏洞,面对环境污染刑事案件的增多与案情的复杂,本罪在司法适用过程中存在的矛盾与争议也日益凸显。本文主要通过实证研究来论证污染环境罪司法适用中存在的问题,并提出解决建议。首先通过污染环境罪刑事案件数与环境资源类行政案件数的数量对比,引出污染环境罪在司法适用中存在单位犯罪追诉难、共同犯罪认定难、入罪标准统一难、罪刑不均衡问题。其次,通过裁判文书网收集特定省份2020年污染环境罪一审案件裁判文书,并以这些裁判文书为样本梳理污染环境罪犯罪主体情况、共犯情况、刑种刑期情况、刑事附带民事公益诉讼情况,以此来印证污染环境罪的司法适用中的确存在上述四点问题。并近一步分析导致这些问题的原因包括污染环境罪罪过形式存在争议、共同犯罪者的认定范围不确定、保护法益定位模糊、因果关系论证模糊、构成要件要素认定不明确、自由刑“轻刑化”、罚金刑数额低、缺少生态修复措施等。最后,针对上述问题提出完善污染环境罪司法适用的建议。通过完善单位犯罪的认定来解决单位犯罪追诉难问题;通过厘清污染环境罪的罪过形态与严格限定共犯的处罚范围来解决共同犯罪追诉难问题;通过肯定生态学的人类中心法益论、明确污染环境罪的因果关系证明标准及构成要件来统一入罪标准;通过优化自由刑、完善罚金刑以及探索生态修复性司法来完善刑事制裁体系解决罪刑不均衡问题。借由本文,笔者希望通过对污染环境罪司法适用问题的研究,为提高该罪名在司法适用中的准确性与高效性贡献出一点点力量,也希望有更多的人关注到环境问题,自觉维护生态文明建设成果,通过自己的力量为美丽中国建设添砖加瓦,让社会实现可持续发展。