烟草黑胫病和赤星病是危害烟草生产的两大主要真菌性病害,给烟叶生产带来极大困扰和经济损失,而培育抗病品种就是有效解决这一问题的根本途径。本研究以黑胫病抗性品种Beinhart1000-1为母本,感病品种小黄金1025为父本进行杂交、回交和自交,构建BC2F2,BC2F3回交群体,进而利用SSR分子标记进行黑胫病抗性位点QTL定位;同时对我们之前定位到的赤星病抗性主效QTL进行了人工选择响应研究,初步评价了相关分子标记的育种价值,为进一步开展分子标记辅助选择奠定了良好的基础。研究结果如下:(1)利用黑胫病抗源材料Beinhart1000-1和感病材料小黄金1025配制杂交组合,并以小黄金1025为轮回亲本,通过一系列杂交、自交和回交并结合分子标记辅助选择,选择出一个优良BC2F1黑胫病抗性单株,进而构建120份BC2F2及BC2F3群体。对两群体进行多年多点苗期和大田期共五次黑胫病0号生理小种接种鉴定,并利用筛选出的119对多态性引物扩增BC2F2单株。利用MapQTL 6.0提供的MQM模型法和MapChart 2.2进行作图,构建两条烟草连锁群,1号连锁群共含6个标记全长15.36 cM,2号连锁群含18个标记全长135.97 cM,并检测到3个与黑胫病抗性相关的QTL,其中两个位于1号连锁群上,一个位于2号连锁群上。(2)利用与主效QTL紧密连锁的分子标记J9和J4,分析随机群体、人工选择群体和自然群体中响应分子标记的等位基因频率,研究相关标记位点在不同群体中的等位基因变化规律。结果发现:(1)赤星病抗性主效QTL等位基因在不同选择强度(5%、10%和20%)的正向选择条件下都发生了显著性偏分离,其中在10%的正向选择强度下偏分离显著性最高。(2)在不同世代(F3、F4、F5和F6)的赤星病抗性育种选择群体中,J9位点抗病亲本等位基因型频率显著高于感病亲本基因型频率,表明来源于抗源净叶黄的主效抗性QTL与赤星病抗性显著关联。(3)在198份自然群体中,包括烟草赤星病抗性品种中烟86、单育二号在内的50份烟草种质携带与抗源净叶黄相同的基因型,表明该主效QTL被广泛应用到烟草赤星病抗性改良中。本研究充分验证了之前定位到的主效抗病QTL的准确性。