本文以牡丹品种‘凤丹白’、‘乌龙捧盛’、‘太平红’试管苗茎基组织为试验材料,采用非靶向代谢组学,检测三个品种在生根关键期的代谢产物,以酚类差异代谢物为主要研究对象。基于KEGG、Lipid Maps数据库,对筛选出的不同品种间的差异酚类物质进行定性定量分析,以探究不同品种间对根原基形成可能有重要作用的差异酚类物质的代谢途径及其关键酶,从而明确酚类物质代谢与牡丹试管苗生根的关系,以期为解决牡丹试管苗生根困难等问题提供理论依据和技术支持。主要研究结果如下:1)以牡丹品种‘凤丹白’、‘乌龙捧盛’、‘太平红’的茎基组织切片细胞学观察可知,牡丹试管苗的不定根属于诱生根原基类型,2-3 d为试管苗根原基形成的关键时期。生根培养第3 d,在3个品种茎基组织的解剖结构中均可观察到形态密集的细胞团,且维管束形成层开始出现,并具备根原基的初步形态。不定根形成在生根培养10 d左右,髓腔变大,茎细胞也变得相对疏松,此后不定根继续伸长生长;20 d左右,不定根突破表皮。2)以VIP值、fold change及q-value三个指标为条件,筛选差异酚类物质85个,主要包含羟基肉桂酸型、羟基苯甲酸型及类黄酮3类。在VIP≥1、fold change≥1.2（或≤0.8333）及q-value<0.05三个筛选条件的基础上,提高VIP值进一步筛选显著差异酚类代谢产物。结合‘凤丹白’和‘乌龙捧盛’、‘凤丹白’和‘太平红’、‘乌龙捧盛’和‘太平红’（即ab、ac、bc）三个比对组分析筛选出可能对根原基形成有重要作用的显著差异酚类15个,即表阿夫儿茶精、表焙儿茶素、没食子儿茶素、邻甲基槲皮素、柔金合欢素、阿福豆素、2-（4-羟苯基）苯并二氢吡喃-4,5,7-三醇、无色花青素、姜酚、2-羟基苯乙酸、3,4-二羟基苯乙醛、3-羟基苯乙酸、香草醛、4-羟基苯乙酸、槲皮素3-（2G-木糖基芸香苷）。3)研究发现这15个显著差异酚类主要参与类黄酮生物合成途径、黄酮和黄酮醇生物合成途径、苯丙氨酸代谢、酪氨酸代谢、二苯乙烯类代谢等相关代谢通路。其中表阿夫儿茶精、表焙儿茶素、没食子儿茶素、柔金合欢素、阿福豆素、2-（4-羟苯基）苯并二氢吡喃-4,5,7-三醇、无色花青素等7个差异酚类均定位于类黄酮生物合成途径,邻甲基槲皮素位于黄酮和黄酮醇生物合成途径,2-羟基苯乙酸、香草醛的生物合成代谢定位于苯丙氨酸代谢通路,姜酚位于二苯乙烯类代谢通路,3,4-二羟基苯乙醛、3-羟基苯乙酸、4-羟基苯乙酸位于酪氨酸代谢通路。涉及到的关键酶主要包含查耳酮合成酶（CHS）、黄酮羟化酶（F3H）、二氢黄酮醇4-还原酶（DFR）、花色素还原酶（ANR）、无色花色素还原酶（LAR）、查耳酮异构酶（CHI）、酪氨酸转氨酶（TAT）、4-香豆酰-Co A-连接酶（4CL）、苯丙氨酸解氨酶（PAL）、4-酰基辅酶A等10种。4)在以上15个显著差异酚类中,表阿夫儿茶精、表焙儿茶素、没食子儿茶素、邻甲基槲皮素、柔金合欢素、阿福豆素、2-（4-羟苯基）苯并二氢吡喃-4,5,7-三醇、无色花青素等在‘凤丹白’和‘乌龙捧盛’（即ab组）比对组间下调表达,在‘乌龙捧盛’和‘太平红’（即bc组）比对组间上调表达,姜酚、2-羟基苯乙酸、3,4-二羟基苯乙醛、3-羟基苯乙酸、香草醛、4-羟基苯乙酸、槲皮素3-（2G-木糖基芸香苷）等在‘乌龙捧盛’和‘太平红’（即bc组）、‘凤丹白’和‘太平红’（即ac组）两个比对组中均发生下调,结合‘凤丹白’、‘乌龙捧盛’、‘太平红’生根率大小分析可知,前8个显著差异酚类可能与根原基形成负相关,后7个显著差异酚类可能与根原基形成正相关。