水稻川235B早熟性的遗传及QTL定位分析

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抽穗期是水稻最重要的农艺性状之一,对控制水稻早熟性状的基因进行定位以及克隆分析具有重要意义。本研究选用四川省农业科学院作物研究所育成的水稻籼型早熟保持系川235B,分别与4个迟熟恢复系成恢727,秋F-3,成恢638,金青占杂交组配并获得杂种F1,其中利用川235B与成恢727的F1继续与成恢727回交组配BC1F1。利用四个组合的F2群体,对川235B的早熟性进行遗传分析,同时以川235B/成恢727的F2作为抽穗期基因的定位群体,利用GBS简化基因组测序技术开发的SNP分子标记构建高密度的遗传连锁图谱,对水稻抽穗期性状进行QTL定位,旨在挖掘川235B早熟性QTL位点,为培育早熟品种提供分子基础。研究结果如下:(1)川235B的早熟性受不完全显性基因控制。川235B与成恢727组配的杂种F1代抽穗期接近于早熟亲本,表明川235B的早熟性受部分显性主效基因控制。川235B与成恢727、秋F-3、成恢638、金青占杂交的F2群体的抽穗期呈双峰分布,从峰谷处进行分组,分别统计早熟和晚熟的株数,通过卡方检验,4个组合F2的早熟株数与晚熟株数的分离比符合15:1;成恢727//川235B/成恢727的BC1F1的早熟株数与晚熟株数的分离比符合3:1。这些结果表明川235B的早熟性是由两对不完全显性基因控制。(2)构建了基于GBS测序的分子遗传图谱。利用GBS简化基因组测序技术对亲本川235B、成恢727及其180份F2单株进行多态性分析,获得的总数据量为83.79Gb,平均数据量0.46Gb,平均比对率为81.3%,平均覆盖度为4.59%,平均覆盖深度为17.94×,开发标记总数为5859个,其中包含5000个SNP标记,859个INDEL标记,通过整合后获得了含有5676个遗传标记的遗传图谱,覆盖水稻基因组总长度1043.17cM,标记间平均遗传距离为0.19cM。(3)定位了控制川235B早熟性的QTL。结合F2群体180个单株的抽穗期数据,利用WinQTLCart软件进行了全基因组QTL扫描。以LOD值3.0为阈值,检测到3个控制水稻早熟性的QTL,分别定位在水稻第3、5、9号染色体上。第3号染色体QTL的LOD值为4.66,解释的遗传变异率为7.92%,置信区间为58.40-61.20cM;第5号染色体QTL的LOD值为5.34,解释的遗传变异率为8.81%,置信区间44.20-46.30 cM;第9号染色体QTL的效应值为2.04,LOD值为3.42,解释的遗传变异率为4.99%,置信区间为59.00-65.70cM。(4)本研究检测到的3个QTL,其中3号染色体上的QTL与邓晓健等定位的Ef-cd基因在同一区域,5号染色体的QTL与王士磊等定位的早熟基因在同一区域,9号染色体上的QTL未见前人报道。
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