桃仁红花煎,是中药典籍《素庵医案》中记载的一则经典方剂,由桃仁﹑红花﹑当归﹑香附﹑延胡索﹑赤芍﹑川芎﹑丹参﹑青皮﹑生地黄十味药物组成。临床研究表明其对心血管疾病有较好的治疗作用,然而其具体的药理学研究很少。中药方剂的药理学研究对于中药现代化十分重要。如何从中草药化合物中筛选出相关靶标的潜在活性化合物是一个非常重要的研究课题,能否从分子水平阐述中药治疗相关疾病的作用机制也是一个研究热点。本文主要利用计算机辅助药物设计的方法对桃仁红花煎进行了研究,包括以下三部分:第一,通过查阅文献得到桃仁红花煎中的672种化合物小分子,计算其化学描述符,并对描述符进行分析。然后通过主成分分析研究,并与112个治疗心血管疾病的药物/类药分子比较。我们利用主成分分析的方法将两类分子的化学空间映射到二维和三维空间,进行化学空间分析。第二,基于分子对接的虚拟筛选。首先,利用分子对接方法将672个桃仁红花煎中含有的小分子与29种与心血管疾病有关的蛋白质靶标(47个结合位点)对接打分,筛选得分较高的活性分子。其次,构建了小分子-蛋白质网络图,并计算Degree和Betweeness值,根据Degree的值筛选出了15种活性成分,其中有11种分子被报道具有抗氧化﹑抗炎等生理活性。第三,精细对接。以上筛选出的15种小分子中的9个分子与部分靶标利用软件AutoDock对做进一步对接,通过研究分子与靶标间的结合作用及相关对接数据,印证虚拟筛选结果的正确性,从分子水平上阐述了桃仁红花煎治疗心血管疾病的作用机制。