西尼罗病毒套式RT-PCR和实时荧光RT-PCR检测方法的建立

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西尼罗病毒(WNV)是一种虫媒病毒,属于黄病毒科,黄病毒属。在自然界中,西尼罗病毒在鸟和蚊子(主要是库蚊)之间形成循环链,主要感染人和马。西尼罗病毒主要分布在非洲、中东、亚洲中西部、印度和欧洲。1999年8月西尼罗病毒首次在西半球登陆,美国纽约发生人和马感染西尼罗脑炎,此后西尼罗病毒迅速传遍整个美国,并有向外传播的趋势。目前,没有有效的治疗措施,因此,建立有效的检测方法来预防西尼罗病毒侵入是非常重要的。1.西尼罗病毒套式RT-PCR检测方法的建立从GenBank上调取西尼罗病毒的基因序列,经过分析,设计并合成两套套式RT-PCR引物,分别对西尼罗病毒灭活苗进行扩增,结果能扩增出与目的片断大小一致的条带,建立了套式RT-PCR检测方法,经反应条件优化后,对乙型脑炎病毒(JEV)、黄热病毒(YFV)等11种相关病毒核酸进行扩增,发现具有良好的特异性;能分别扩增出85个拷贝和62个拷贝的双链DNA,显示建立的套式RT-PCR检测方法具有高效、快速、特异、灵敏的特点,可用于口岸WNV的检测和监测。2.西尼罗病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立从GenBank上调取西尼罗病毒的基因序列,针对其基因保守区域的核苷酸序列,用DNAStar和Primer Expression 3.0软件设计3对引物和TaqMan探针,以西尼罗病毒的cDNA为模板,建立了WNYA、WNYB和WNYC三套实时荧光RT-PCR检测方法,经反应条件优化后,对JEV、YFV等11种病毒核酸进行扩增,发现具有良好的特异性;对10倍倍比稀释的双链DNA、质粒DNA、cDNA和RNA进行扩增检测其灵敏度,发现建立的WNYA和WNYC荧光能分别扩增出30个拷贝和65个拷贝的双链DNA以及420个拷贝和460个拷贝的质粒DNA,WNYB对cDNA的扩增效率明显低于WNYA和WNYC,证明建立的WNYA和WNYC实时荧光RT-PCR检测方法具有高效、快速、特异、灵敏的特点,可用于WNV样品的检测。3.西尼罗病毒基因片断的克隆本研究以常规RT-PCR技术扩增套式和荧光PCR检测方法所需的目的片断,将其插入到pMD18-T Vector中进行克隆,获得的阳性克隆分别为pMD18-T-A、pMD18-T-B、pMD18-T-YA和pMD18-T-YC。测序结果与GenBank已发表的序列进行比较证实为WNV序列,表明建立的PCR方法是特异性的,获得的克隆质粒可作为建立的PCR方法的阳性对照。4.西尼罗病毒检测试剂盒的组装将建立的西尼罗病毒套式RT-PCR和实时荧光RT-PCR检测方法组装成两个试剂盒,进行性能检测后,证明试剂盒可以对WNV进行快速的检测。
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