大学与企业合作创新系统中涉及大学、企业和政府三类实体.三者形成了一个互动网络关系.该网络关系受到社会文化、科技、经济和政策法律等环境直接或间接的影响.基于此实体网络关系,从行为的角度,提出大学与企业合作创新的解析模型——大学-企业协同模型.该模型清晰地反映了合作过程中环境、实体和行为之间的关系结构以及它们之间的协同过程.研究表明,大学与企业合作创新行为是大学与企业技术创新行为协同的结果.论文采用实证的方法,从企业委托研究的经费、大学科技成果转让、鉴定成果数和发明专利合作情况四个方面考察了中国大学与企业合作创新的现状.尽管中国的大学与企业合作创新已取得了不错的绩效,但总体仍跟不上经济发展的现实要求.主要问题是:企业技术有效需求不足、大学科技成果有效供给匮乏、政府营造的宏观环境、政策不到位等.为优化中国大学与企业的合作创新,论文在研究了美国和日本两国具体作法的基础上,从微观和宏观两个层面提出了具有一定可操作性的对策.微观上,企业要从培养自身创新能力、加大R&D经费的投入;建立受让项目的评估、决策机制;建立资助项目预研究或进一步研究的风险投资体制等.大学要处理好合作创新与科研、学术自由以及与企业科研三类关系.宏观上,政府要在坚持指导、引导、整合和保障的原则下,通过完整中介服务和政策法规保障体系、改革人事制度等具体措施优化合作创新绩效.