缘起理论作为佛教思想的理论基石，是佛教区别于其他流派的基本思想特征，与无因论、偶因论、一因论等理论根本对立。正因为缘起理论的重要地位，所以各宗都从自己的角度阐述缘起的道理，从这个意义上说，对缘起的不同理解是佛教各宗形成的主要原因之一。阿赖耶识缘起与其他缘起理论的区别，可以概括为四个字“唯识无境”：（1）“阿赖耶识缘起”完善了原始佛教 “业感缘起”的思想，用“习气”代替了“业”，同时规定执持习气的阿赖耶识的存在，就解决了原始佛教“轮回说”与“无我论”之间的矛盾。（2）“阿赖耶识缘起”同一切有部的“实有缘起”一样追求缘起理的根基，它认为是阿赖耶识。它进一步把阿赖耶识规定为“非断非常”性，阿赖耶识与其中的种子不一不异，种子才生即灭，无间生起，所以阿赖耶识本身也是待缘的存在，这就破除了阿赖耶识的实体相。（3） “阿赖耶识缘起”同意大乘空宗“八不缘起”现象即缘起，缘起即性空的主张，并且进一步否认离识之境的存在，认为境象无非是虚妄分别所生。同时主张识体存在，为人们的修行的可能性和必要性找到根据。同时大乘有宗认为缘起理就在现象之中，离开现象没有缘起理。这样就驳斥了所谓“空理”为体，“现象”为用的主张。认为现象与缘起理体用一如。缘起理是在八识之间、种子与现行体现出来的四缘理。所以可以从三个角度来分析阿赖耶识缘起：1、八识<WP=40>之间的关系。2、现行、习气、种子之间的关系。3、唯识四缘。有情众生各有自体八识：眼识、耳识、鼻识、舌识、身眼、第六意识、第七识、第八识。其中有情众生在没有得到解脱前，它的第七识恒是染性，称为末那识，同时他的第八识称为 阿赖耶识。阿赖耶识又称为藏识，这里的藏有三义：能藏、所藏、执藏。所谓能藏是指阿赖耶识具有摄藏万法种子的功用。所藏是指阿赖耶识中的种子。执藏是指被第七末那识执为“自内我”。阿赖耶识与种子之间的关系说明了阿赖耶识本身的“非断非常”性。就解决了佛教中“轮回说”与“无我说”之间的矛盾。阿赖耶识是前七识转变所依止的根本，前七识都是阿赖耶识中的种子变现，这种变现包括见分（能缘境相的能力）、相分（所缘的境相）。末那识恒审思虑，没有间断，但它执第八阿赖耶识为自内我，所以恒为染污，故此有情总是有一种自我的牵挂，这种潜藏的自我是有情流转的重要原因。末那识的存在解放了第六意识，有效地解决了“缘起”与“抉择”之间的矛盾，为有情找到了解脱的根据。第六意识与六心所都相应，对于同一境、同一受可以有不同的心所，有情的抉择就在其中。当然抉择是有限的抉择，它依然受到生起它的种子的影响，但是，正是这种有限的抉择直接决定有情在轮回中的位置。前五识（眼识、耳识、鼻识、舌识、身识）是了境识，所起待缘众多。前七转识与阿赖耶识之间的关系可以通过现行、习气、种子之间的关系来说明。所谓现行，是指由种子变现而来的前七识及其见分、相分、性、界、地、有漏、无漏、报、非报等等。现行<WP=41>（除佛果善因为圆满和极劣无记因为无势力外）对于阿赖耶识都有熏习作用。这种作用在阿赖耶识中留下习气，习气成熟就是种子，种子才生即灭，转变成现行，现行又熏习阿赖耶识。所以，习气是未成熟的种子，种子是已成熟了的习气。八识之间的关系，现行、习气、种子之间的关系都可以归为四缘：因缘、等无见缘、所缘缘、增上缘。（1）只有现行和种子才有因缘义。种子才生即灭，能够产生与自己性、相无别的现行。现行熏习阿赖耶识，产生等流习气，能够引生与自己性、相相同的种子。（2）等无间缘指前念识对后念识的无间生起有开导，所以在此同意安慧法师关于异类识可作开导依的见解。同时，只有这样理解，才能更好说明从“无心五位”起，何以能有前六识；阿赖耶识、末那识如何能从有漏转无漏。（3）所缘之境对能缘之心、心所的生起有功用，这种关系就是所缘缘。由于大乘有宗根本否认离识之境的存在，所以所缘缘是识上相分与见分、自体八识之间的关系。（4）于其他法的生起有作用，则为增上缘。其中最为殊胜的是二十二根。所谓根是指相应法生起的必要条件，缺根就不能生起。比如人的眼睛有毛病，就没有眼识，说明他却眼根；一个人不信仰佛教，可以说他的阿赖耶识中没有无漏种子，也可以说他没有信根。总而言之，大乘有宗提出阿赖耶识缘起理论，从而根本否认了离识之境的存在，把缘起理奠基在不断生成流变的阿赖耶识之上，避免陷入抽象的实体论；它否认八识的实体性，却承认八识的存在，就避免了陷入虚无之中；同时阿赖耶识缘起理论通过提出六识外另有第七、第八识的存在，解放了第六意识，从而解决<WP=42>了“轮回说”与“无我说”、“缘起”与“抉择”之间的矛盾，这对佛教理论发展的具有重要意义。