公共治理是多元治理主体对社会公共事务协作管理以增进公共利益最大化的过程,是政府与公民社会对公共生活的一种合作管理。在当代治理主义的精神下,政府不再是排斥异己的垄断者,非政府组织也不是事不关己的局外人,政府与非政府组织是真诚的合作者。这种由政府与非政府组织合作治理的格局,将构建政治国家与公民社会的一种新型关系,有利于实现公共利益最大化的善治境界。作为公民社会的重要组成部分和治理的主体,非政府组织在国家和社会公共事务治理过程中发挥了越来越重要的作用,同时为解决市场失灵和政府失灵提供了新的可能。然而,非政府组织并非万能,也会失灵,主要表现为能力不足、效率低、偏离宗旨、从事非法活动等,而失灵的原因包括体制上、政策上、观念上以及非政府组织自身的原因。我国非政府组织发展要靠政府、社会以及其自身的共同努力。本文从公共治理的角度,对我国处在转轨这一特殊历史时期的非政府组织的公共治理主体地位进行了分析,对非政府组织在社会经济发展中的多重功能,以及非政府组织失灵进行了剖析,并针对在转轨时期如何防止非政府组织失灵,使其发挥应有的功能,提出了两个方面的对策思考:一方面,政府要自上而下,对非政府组织进行整合与管理,推动非政府组织走向与政府合作与互动的善治之道;另一方面,非政府组织也要自下而上推动,创新内部治理结构,强化自身参与公共管理的能力。