制药工业是我国非常重要的产业之一。制药业的良好运营也是我国经济健康运行的良好体现。对于制药行业来说,除了进行药品研发改善经营绩效之外,提高企业管理能力,应对医疗改革政策导向,也是制药企业改善经营绩效需要面对的重要课题之一。原因可以简单概括为国家出台医疗改革政策引导医院的发展,其中药品采购模式和定价方式都直接影响了制药企业的销售渠道和销售利润。因为公立医院是制药公司的主要大客户,所以把握政策导向,积极应对就对绩效改善具备了重大意义。另一方面,政府,企业和医院存在三方非零和博弈的关系,政府的医疗新政策指导了制药企业规范操作,为社会提供更好的产品以获得更大的利润。本文运用DEA投入导向模型以及基于DEA方法的Malmquist指数法,根据2012-2017年面板数据,对我国106家上市制药企业的经营效率进行分析,了解我国上市制药公司的经营在近6年来的发展走势以及在2017年的表现。实证结果显示2017年整个行业纯技术效率低下,也就是企业制度和管理水平出现下降。其中,对于2017年来说,在其他因素变化不明显的情况下,“两票制”的出台是影响企业制度和管理水平的重要因素之一。说明在与政府的博弈过程中,部分制药企业还没有做出及时的调整,因此就体现为当前的企业制度不合适和管理水平的下降。而在“两票制”实行之前,同样的企业管理制度是行之有效的。并且本研究进一步分析“两票制”的实施给制药行业带来的变化情境,主要是商业模式的变化。之前的商业模式是低价打包销售给多级经销商,各级经销商会负责药品的推广,当然这里存在着经销商“过票”的风险,这也是国家政策要整顿的一个方面。之后的模式转变为高价销售给单级经销商,杜绝“过票”现象,并向服务商购买推广服务。针对如此的变化,本文提出了相应的对策,包括认真解读政策变化,认识商业模式的变化,从而积极准确的应对经销商管理的问题以及产品从低价变化到高价带来的税务筹划需求,以及对于推广服务费的定价的税务筹划问题。希望本研究对于制药公司今后的发展有一定的借鉴作用。