茶树[Camellia sinensis（L.）O.Kuntze]属于多年生常绿木本植物,广泛种植在中国各个地区。但是由于茶树的连续种植以及化肥的长期使用,茶园土壤出现酸化、硝酸盐污染及肥力下降等问题,导致茶树鲜叶产量下降,增加了成品茶的生产成本。因此为了茶产业的可持续发展,绿色无害的微生物菌肥逐渐开始代替无机化肥在茶园中施用。沼泽红假单胞菌是一种光合细菌,具有固氮、固碳、促进植物生长等功能,在农业中广泛应用,在制成微生物菌肥方面有着广阔的应用前景。但是,沼泽红假单细菌在茶叶中的应用还未见报道。本文以两年生‘龙井长叶’作为供试材料,采用沼泽红假单胞菌对茶树进行灌根处理,对茶树光合指标、茶叶品质成分、土壤理化性质和酶活等进行测定,同时通过转录组和土壤高通量测序研究沼泽红假单胞菌处理后对茶树叶片中基因表达和土壤微生物等的影响。本文的主要研究结果如下:1.生理数据显示最高浓度沼泽红假单胞菌处理显著提高了净光合速率、气孔导度和蒸腾速率27.7%、20.09%及27.78%,沼泽红假单胞菌处理与叶绿素含量呈显著正相关,分别提高了17.13%、22.92%和26.37%;最高浓度的处理鲜叶中水浸出物游离氨基酸的含量高出对照5.14和11.51%,氨基酸特别是茶氨酸、γ-氨基丁酸和异亮氨酸的含量与处理浓度呈极显著正相关,酚氨比降低,有利于提高制茶品质。2.土壤理化性质及酶活测定数据显示,处理后全氮、速效氮和有效磷的含量最大高于对照15.84%、32.25%和19.78%,土壤脱氢酶和纤维素酶与处理浓度呈极显著正相关,最高高于对照4.2倍。高通量测序数据显示沼泽红假单胞菌处理后增加了茶树根际土壤中细菌的Alpha多样性,硝化螺菌和苯基杆菌属等固氮菌的丰度增加,且一些致病微生物的丰度降低,提高土壤肥力。3.通过转录组测序技术分析比较了处理与对照中茶树叶片基因转录水平的变化。共鉴定出533个差异表达基因,其中上调基因226个,下调基因307个。生物信息学分析结果显示MAPK信号传导、植物激素信号传导、次生代谢产物生物合成途径、植物-病原相互作用等途径的相关基因被诱导差异表达,并筛选出光合、类黄酮和氨基酸代谢中的差异表达基因。综上,沼泽红假单细胞菌处理有利用促进茶树光合作用,提高制茶品质,促进氮素吸收,改善土壤微生物种群,提高土壤肥力。本研究为富含光合细菌的茶树专用微生物菌肥的研发和利用奠定了理论基础。