海洋是珍贵的资源宝库。海洋生物医药产业是近年来发展快且潜力大的海洋战略性新兴产业门类。经济新常态下海洋生物医药产业结构转型升级的根本出路是创新。中国海洋生物医药创新模式已经步入创新2.0(创新体系)阶段,目前创新能力明显受到产业基础、环境因素、技术条件等方面的掣肘,为取得更大的突破,应当逐步构建创新3.0(创新生态系统)模式,探索创新驱动发展的路径。鉴于此,结合海洋生物医药产业特性、发展趋势,基于创新生态系统演绎逻辑,通过灰色关联模型对海洋生物医药产业进行影响因素测度,构建具有开放式创新能力的海洋生物医药产业创新生态系统理论运行结构。通过数据分析理清海洋生物医药产业创新生态系统运作现状,探究形成促进海洋生物医药业创新生态系统结构运作的政策环境。结果发现:创新生态系统的特点是多样性共生、自适应演化、开放式协同,能使产业发展具有自适应特性,促进创新持续涌现。中国海洋生物医药产业创新生态系统要注重增加系统动力、完善运行机制、培育空间载体、加强支撑要素建设等,目前在政府政策支撑、市场经济需求、创新主体技术攻关、战略联盟协同发展、产业发展资源等方面已形成一定基础,但存在研发资金扶持不够、成果产业化困难、知识产权保护滞后、基础研究薄弱、产学研主体错位、创新人才流失等发展瓶颈。为解决海洋生物医药产业发展存在的问题,系统分析国外海洋生物医药产业创新生态系统运作经验的基础上对海洋生物医药产业创新生态系统创新循环发展的路径进行总结,并给出海洋生物医药产业创新生态系统建设的政策建议。研究得出:形成有利于创新的制度环境是中国海洋生物医药产业创新生态系统发展的基本保障;建设海洋生物医药业的风险投资体系是完善投融资体系的关键一步;根本性的技术创新是推动海洋生物医药产业创新生态系统发展的制高点;建立知识产权综合评价机制和健全专利保护体制是促进科技成果产业化的有效途径;产业联盟的形成、智库建设、法律法规的完善是减少海洋生物医药产业创新生态系统形成开放式创新体系过程中的不稳定因素的重要举措。