利用外显子组测序筛选一个ARCA家系的致病基因

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背景:常染色体隐性遗传小脑性共济失调(Autosomal recessive cerebellar ataxia,ARCA)是一组比较罕见的单基因遗传性疾病,以小脑性共济失调为主要临床表现,具有显著的临床及遗传异质性,迄今为止,已发现有20余种亚型。全基因外显子组测序是最近兴起的寻找疾病致病基因的一种高效、经济的研究方法,对常见和罕见变异具有高度敏感性。目的:本研究对一例常染色体隐性遗传性小脑性共济失调家系进行外显子组测序分析结合纯合子定位来筛选该疾病的候选致病基因。方法和结果:我们对家系内两名患者进行了外显子组测序,在2个样本中检测到单核苷酸变异位点的数目分别为10917个和10354个,其中有722个单核苷酸变异位点为两样本所共有,插入缺失(Insertion-deletion,Indel)的数目分别为575个和560个,72个为两样本共有。经过已知公共数据库的过滤以及纯合区域的定位,最后筛选出8个新发的纯合单核苷酸变异位点:SSRP1基因(Intron8,IVS8-10c>t)、TTYH2基因c.710g>a(p.R237H).TNKS1BP1基因c.4015g>a(p.V1339M).UBE2O基因c.1609g>a(p.D537N). RCOR2基因c.634g>a(p.V212M).MZT2B基因c.341c>t (p.A114V).CCDC74A基因c.506t>c(p.M169T).OR5J2基因c.831c>g (p.F277L).利用在线数据库对这8个新发序列变异位点所在基因进行生物功能分析,并利用Sanger测序方法对家系内成员进行共分离验证,发现SSRP1基因和OR5J2基因的序列变异与表型共分离。这两个基因是否为致病基因还有待进一步的验证。通过功能分析,我们猜测与DNA复制、转录及修复有关的SSRP1基因为候选致病基因的可能性大,况且SSRP1基因定位在我们确定的高可信纯合区间内。结论:本研究通过外显子组测序结合纯合子定位的方法将该家系的候选致病基因锁定在SSRP1基因和OR5J2基因;建立了利用外显子组测序结合纯合子定位法克隆ARCA致病基因的技术平台。
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