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家禽抗病育种研究是近年来研究的热点,也是难点,是因为目前多数抗病性状难以测定,测定费用较高,决定抗病性状的基因未能找到,抗病育种的选择方法、选择性状和选择标记都仍然处于探索中。因此,为了进一步挖掘抗病性状的功能基因和为抗病育种奠定一定理论基础,本研究在表型水平上,用白来航蛋鸡和京星黄鸡为试验群体,分别以SRBC和H/L为主要选择性状进行遗传选择,研究部分抗病性状遗传选择效果,以及抗病性状与主选性状之间的关系；在分子水平上,研究这两个主选性状的遗传选择对TLR家族基因的表达的影响；同时在全基因组水平上,利用北京油鸡和科宝肉鸡的F2群体,采用Illumina chicken60kSNPs芯片扫描并进行全基因组关联分析,揭示抗病性状的遗传基础,寻找与抗病相关的功能基因或分子标记,为抗病性状的功能基因挖掘和抗病育种奠定理论基础。本研究共包括4个试验,主要结果如下：试验1：异嗜性粒细胞与淋巴细胞比率(H/L)遗传选择效果分析。利用家系选择的方法对京星黄鸡的H/L比值进行了三个世代遗传选择。每个世代组建公鸡家系30个,公母比例为1：3,61日龄测定所有个体的H/L比值,然后从低到高进行个体选择,同时设定随机交配的对照系。利用MTDFREML估计的61日龄H/L比值h2=0.28,属于中等遗传力性状。三个世代选择后,选择系H/L比值为0.39,对照系H/L比值为0.50,提高了22%。选择系和对照系相比,血清IgG含量呈显著差异(P<0.05),SRBC、禽流感(AI)和新城疫(ND)免疫抗体滴度差异不显著(P>0.05)。试验2：绵羊红细胞(SRBC)免疫抗体滴度双向选择效果分析。利用家系选择的方法对白来航蛋鸡的SRBC抗体滴度进行了四个世代的双向遗传选择。每个世代上下选系各组建公鸡家系25个,公母比例为1：3,56日龄肌肉注射25%SRBC悬浮液,61日龄测定抗体滴度,按照滴度值的高低进行个体选择,同时设定随机交配的对照系。利用MTDFREML估计的61日龄SRBC抗体滴度h2=0.26,属于中等遗传力性状,与AI、ND抗体滴度、H/L比值、IgG含量呈中等以上的遗传相关。随着世代的双向选择,在G3、G4世代,上选系和下选系之间的SRBC抗体滴度达到差异显著水平(P<0.05),上选系较下选系的SRBC抗体滴度分别高13.8%和17%。第四世代上、下选系与对照系相比,上选系的SRBC、AI、ND抗体滴度、血清IgM含量显著高于下选系和对照系(P<0.05)。试验3：TLR受体基因在H/L、SRBC选择系中的法氏囊mRNA表达变化。TLR(Toll-like receptor)受体是先天免疫反应的重要的模式受体。通过RT-PCR技术,比较了TLR4等5个基因在两个选择系中重要免疫器官法氏囊中的表达差异。在H/L单向选择系(第四个世代)、SRBC双向选择系(第五世代)和对照系,各选公鸡30只,56日龄采集法氏囊组织,检测TLR1-1、TLR1-2TLR2-1、TLR2-2、TLR4基因的mRNA表达量。在H/L选择系,TLR1-1、TLR1-2、TLR2-1、TLR2-2基因iRNA表达量高于对照系,其中TLR2-1差异达到显著水平(P<0.05),TLR4基因差异不显著。SRBC双向选择系中,五个基因均未达到差异显著水平(P<0.05)。试验4：以北京油鸡和科宝肉鸡的F2杂交群体为素材,利用Illumina60K高密度SNP芯片对16个抗病相关性状进行了GWAS分析,共测定个体326个,利用GLM方法进行数据分析。共发现达到潜在显著水平(P<5.96659×105)的SNP378个,其中ND抗体滴度潜在显著水平的SNP1个,位于Z染色体上；显著水平(P<2.98329×10-6)的73个；高显著水平(P<5.96659×10-8)的3个,全部与胸腺重相关。其中胸腺重、法氏囊重、红细胞分布宽度、血小板分布宽度均发现显著相关的SNP,脾脏重、禽流感抗体滴度、红细胞计数没有发现有相关的SNP达到潜在显著水平。同时经过筛选发现,同一个SNP控制多个性状,在潜在显著水平上,有17个SNP既和法氏囊相关联又和胸腺相关联,1个SNP位于8号染色体上与平均血红蛋白浓度和红细胞压积相关联,位于15号染色体上的1个SNP与血小板分布宽度和红细胞分布宽度相关,另有1号染色体上的1个SNP与血小板分布宽度和血小板计数相关。通过对关联分析结果达到高显著水平SNP的附近(上下游各500Kb)相关基因的筛选和基因注释,发现大多数的基因都是与细胞的增殖和信号传导有关,因此建议在进一步进行抗病遗传研究时,应该更多的研究细胞增殖、信号传导和抗病性状之间的关系。通过筛选关联分析结果达到高显著水平和国际比较公认的显著水平(P<5×10-8)的SNP最近的基因,结合候选基因法,参照相关基因的报道,发现膜关联鸟苷酸激酶膜基因(MAGI2)和非典型(LOC422090)基因可能是分别影响胸腺重和法氏囊重的重要候选基因。