定量构效关系方法(quantitativestructure-activityrelationship，QSAR)是应用最为广泛的药物设计方法。所谓的定量构效方法就是通过一些数理统计方法建立起一系列化合物的生理活性或某些性质与其物理化学性质之间的定量关系，通过这些定量关系，可以预测化合物的生理活性或某些性质，指导我们设计出具有更高活性或者是更低毒性的化合物。近几十年，尤其是Hansch法提出后，随着计算机技术的发展和多变量解析技术的引入，定量构效关系方法迅速发展和应用起来，现在它已经成为药物设计和药物开发中不可缺少的工具。 本文主要研究了氟喹诺酮类药物抗G+、G-的活性与结构的关系、抗HIV-1的毒性与结构的关系以及氨基硫尿类衍生物抗溶组织内阿米巴病的活性与结构的关系。通过量子化学中密度泛函理论方法计算各个分子结构的物理化学结构参数，采用统计软件SPSS11.0分析各个参数与活性的定量构效关系。最后得出最佳的QSAR模型，分析影响活性或毒性的主要因素，通过改变取代基类型或者取代位置来提高药物的活性或者降低药物的毒性，指导合成理想的药物分子结构。在研究氟喹诺酮类药物抗G+、G-的活性与结构的关系过程中，我们得出以下结论：(1)7位上芳基取代的氟喹诺酮类化合物抗革兰阳性菌的活性比简单烷基取代的活性要高，反之7位上简单烷基取代可以大大提高抗革兰阴性菌的活性，它们药效性甚至比Lomofloxacin还要好；(2)增大EHOMO的数值和减小QF8(紧接8位碳原子的氟原子的电荷)的数值可以增强抗革兰阳性菌的活性，减小EHOMO数值和增大偶极矩数值可以增强抗革兰阴性菌的活性；(3)对于抗革兰阳性和革兰阴性菌，由于他们活性的增强与EHOMO数值的的增减是相反的，可以说氟喹诺酮类化合物抗革兰阳性菌和革兰阴性菌的作用机理是不相同的。 在研究氟喹诺酮类药物抗HIV-1的毒性与结构的关系，我们得出结论：降低氟喹诺酮类化合物抗HIV-1的毒性方法可以通过减小EHOMO的数值和增大QC8的数值。在研究氨基硫尿类衍生物抗溶组织内阿米巴病的活性与结构的关系，我们的结论是提高氨基硫脲衍生物抗阿米巴病的活性方法可以通过增大MW的数值，减小EHOMO和Qs的数值。 从所得到的定量构效关系模型可以看出，EHOMO作为重要的因素，影响药物的活性和毒性。EHOMO和分子的亲核性有关，且一个分子如果有较高数值的EHOMO说明在与目标物作用时他比具有较低数值的EHOMO更能提供电子。EHOMO对药物分子的设计是很重要的一个参数，它还可以提供药物分子与底物作用时是提供电子还是接受电子，这对于药物分子与底物作用的机制研究是很有帮助的。 这也是本文研究得出的一个重要的结论。