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野鸟是禽流感病毒的自然宿主,因其迁徙习性能携带病毒传播,发挥着众多禽流感病毒亚型的保存、传播和变异所需“活动载体”的功能。目前,16种HA和9种NA亚型禽流感病毒在野鸟体内都能分离到,野鸟体内的HA亚型有不同程度的分离率及宿主限制性。H1-H12亚型在雁形目中分离率较高,其中H3、H4和H6亚型是经常被检测到的亚型,而H10-H12亚型的检测率较低,甚至它们中很多HA-NA亚型组合至今未被检测到。目前国内外对野鸟源H10-H12亚型的研究较少,对这些亚型的病毒生态学及分子遗传进化认识不足,因此,为了更好的评估H10-H12亚型在野鸟中的流行模式,阐明这些少见亚型的遗传变异情况,并进一步了解野鸟在全球少见亚型禽流感病毒传播中的作用,需要加大对野鸟携带H10-H12亚型禽流感病毒的监测。上海是东亚-澳大利西亚候鸟迁徙路线上重要的越冬停留地,在此过境或越冬的候鸟超过百万只次,近年来随着上海经济的发展,湿地修复等工程为候鸟迁徙停留提供了适宜的栖息环境。鉴于H10-H12亚型在禽流感病毒生态学中的重要性,本研究分析了2016-2019年上海地区野鸟携带禽流感病毒的情况,重点研究了H10-H12亚型禽流感病毒的流行病学、全基因组序列和分子进化分析。主要结果如下:(1)上海地区野鸟携带的常见亚型是H4N2和H6N2,约占总阳性样本的40%;H10-H12亚型比较少见,约占2.8%。通过对流感病毒数据库中H10-H12亚型及其来源地、宿主等统计分析,发现这些亚型主要集中在北美、欧洲和亚洲的韩国、日本以及中国,其中80%是野鸟源毒株。(2)本研究对12株获得全基因组的H10-H12亚型进行序列分析,发现这12株分离株的同源性较低。在遗传进化树中,4株H12N2的部分基因片段属于北美谱系,而其余基因片段都属于欧亚谱系,与俄罗斯、蒙古、日本、韩国和中国等东亚-澳大利西亚迁徙路线上的国家的家鸭和野鸭中分离到的毒株具有非常高的序列同源性和亲缘关系,表明了对病毒传播,野鸟迁徙是重要的,并且鸟类的迁徙习性也促进了欧亚和北美地区之间病毒的基因交流。(3)关键氨基酸位点分析表明,12株H10-H12亚型毒株均为低致病性禽流感病毒,优先结合禽源受体,与对金刚烷胺耐药性及哺乳动物致病性增强相关的关键氨基酸位点均没有发生突变。(4)重组分析表明,这些分离株的内部基因片段均发生了不同程度的重组。12株毒株中,除2株H11亚型外,其余相同亚型毒株的内部基因在进化树上均具有部分或完全不同的系统发育位置,其中4株H12N2亚型重组程度更高,可能发生了欧亚与北美地区间的基因重组。由此可见,上海地区野生鸟类中携带的H10-H12亚型禽流感病毒具有较大的基因多样性和较复杂的遗传进化关系,为了更好地了解野鸟中这些亚型的病毒生态学特征,评估该地区少见亚型禽流感病毒出现的风险,需要加大对野鸟中这些亚型的长期监测,从而为禽流感病毒生态学研究提供基础数据。