近些年来,以美国为首的西方国家在科技领域对中国实施“卡脖子”式的技术封锁。国家不断加大科技投入力度,同时为确保科技创新政策落地,资金管理权层层下放。但在具体执行中,有些政策落实不到位,可能导致出现漏洞。内部控制是完善科研经费管理、提高资金使用效率的有效途径,可最大程度防范违规舞弊情况的发生。通过优化内部控制,发挥科研经费最大作用,达到改进管理、保障科研、激励科研的目的。中国科技创新主要依靠高校、科研院所、企业这三类创新主体。本文选取在科研领域具有代表性的H农科院作为研究对象,通过采用案例研究法、实地调研法、文献研究法、电话调查法等方法,对科研项目经费管理及内部控制优化开展研究。本文研究的内容主要六部分,第一部分介绍了关于当前国内科技投入很大,但科技产出与美国等科技强国仍有较大差距,科研经费存在使用效率不高等问题,促进形成关键核心技术、解决“卡脖子”问题的重要科技成果的项目经费管理水平仍不足,从内部控制视角来开展科研项目经费管理研究,以提高科研经费的使用效率和绩效产出水平;第二部分对科技创新主体、内部控制等概念及其理论基础进行了表述,企业、科研院所、高校是当前我国主要的科技创新主体;第三部分主要介绍了H农科院的概况和经费管理概况,并展开研究,分别从单位层面、业务层面介绍H农科院科研项目经费内部控制的情况,从内部控制要素查找问题、分析问题;第四部分针对问题,结合内部控制要求,结合H农科院实际情况,对H农科院科研项目经费内部控制体系进行优化设计,提出改进优化其科研经费内部控制的措施;第五部分主要对H农科院科研项目经费内部控制优化开展效果检测;第六部分对全文进行了概括总结,展望今后研究方向。发挥企业在科技创新中的主体作用,是国家科技创新发展战略,将来由企业管理的科研项目经费会越来越多。本文选取H农科院为案例开展研究,研究结果为包括企业在内的所有科技创新主体科研项目经费管理和内部控制优化提供有益的借鉴。