公立医院在我国医疗服务市场占据主导地位，在满足人们的基本医疗服务需求，促进我国卫生事业公益性方面做出了很大的贡献。但是，目前我国各级公立医院发展不平衡，三级医疗机构不断扩张，吸纳了近90％的病人；一级医疗机构，如社区卫生服务中心，在得到政府政策明显倾斜的情况下已取得了长足的发展；而二级医院的发展策略却不明朗，其医疗服务市场在不断萎缩。身处尴尬境地的二级医院，如何结合自身特点，优化卫生资源配置，提高卫生资源使用效率，从源头上遏制浪费现象的发生，已成为其生存发展的关键。二级医疗机构是上海市医疗服务体系的重要组成部分，研究如何对其进行最优化配置，提高其运行效率，是当前上海市卫生事业发展亟待解决的问题。　　 本研究以上海市20所二级中心医院为研究对象，综合运用多种经济学和统计学方法对上海市二级中心医院1999-2009的经济运行和生产效率进行评价，探讨影响医院效率的主要因素及各因素的影响程度，并在此基础上深入探讨提高二级医院的整体运行效率的策略，为医院管理者合理调整资源投入方向和卫生行政部门进行宏观调控提供参考。结果表明，1999-2009年上海市20所中心医院总收入和总支出的年均增长速度分别为12.94％和13.09％。本研究以数据包络分析（Data Development Analysis, DEA）为基础，使用曼奎斯特生产率指数（Malmquist Productivity Index,MPI）测量医院全要素生产率，得出全要素生产率在2006年以后呈现低效率状态，全要素生产率的变动主要是由于技术进步带来的；多元回归模型显示，财政补助在总支出的比例、专用设备在固定资产中的比例、资产负债率、床位使用率、人均业务工作量、每病人平均住院天数及职工人数是影响医院配置效率的主要因素。根据研究结果，建议首先在不影响整体医疗服务质量的前提下提高部分医院的资产负债率、床位使用率及人均业务工作量，减少每病人平均住院天数，形成相对优化的要素投入结构。其次，要提高医院的经营管理水平，根据市场需求动态优化医院现有资源结构，不断改善医院配置效率。第三，要进一步明确二级公立医院的定位，充分利用当前的卫生资源，提供与一、三级医疗机构不同的差异性服务。