用生物信息学方法对原发性肝细胞癌肿瘤微环境关键基因的分析研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fanjing0
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背景:肿瘤微环境(TME)在不同类型的癌症的发展中起着重要作用。然而,与肝细胞癌(HCC)相关的TME的关键调控基因仍不清楚。在这项研究中,我们进行了基于The Cancer Genome Atlas(TCGA)的生物信息学分析,并使用Estimation of STromal and Immune cells in Malignant Tumor tissues using Expression data(ESTIMATE)数据集估算了恶性肿瘤组织中的基质细胞和免疫细胞,以预测影响肝癌肿瘤微环境的关键基因。资料和方法:首先,过滤并合并具有ESTIMATE评分的340例患者和20531个基因的表达数据,以鉴定差异表达的基因。接下来,进行蛋白互作网络(PPI)和功能富集分析以发现关键基因。然后,对关键基因进行了log-rank检验和功能富集分析。最后,绘制了关键基因的Kaplan-Meier曲线。结果:在所有差异表达的基因中,免疫和基质组均表达的有916个基因。这些基因所在的最重要的基因本体论(GO)富集功能是T细胞活化,白细胞迁移,含胶原基质,质膜外侧,受体配体和活化剂活性。最重要的京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路是细胞因子与细胞因子受体的相互作用。此外,cd3e,cd3g,hla-dpa1,hla-dpb1,lck和map4k1基因为关键基因,在304例患者中低表达,他们参与多种应答,包括免疫应答激活细胞表面受体信号传导,免疫应答激活信号传导,网格蛋白包被的囊泡膜,免疫受体活性和肽/酰胺结合途径。作为验证,我们在Oncomine数据库上搜索了这些基因,证实了它们在肝细胞癌中的低表达状态。结论:cd3e,cd3g,hla-dpa1,hla-dpb1,lck和map4k1与原发性肝细胞癌的免疫微环境显著相关,他们在癌细胞内的低表达可能预示较差的5年生存率,可作为判断肝癌预后的关键因素。
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