随着经济发展水平上升、农业产业结构调整，农村内部土地利用结构与关系发生显著改变。其中，一个不容忽视的突出问题是种植业用地和养殖业用地关系“脱节”导致的畜禽养殖废弃物污染，它被视为最重要的农业“公害”。畜禽养殖规模扩大是养殖污染产生的重要因素，但根本的原因在于随着畜禽养殖向规模化、专业化发展，种植业与养殖业的土地利用布局和关系被割裂，同时缺乏必要的外部（政府）补救措施。小型、分散式养殖用地的零散布局与缺乏稳定性进一步加大了畜禽养殖废弃物资源化利用难度。在江苏省太湖流域，2011年底小型生猪养殖量占规模化养殖的比例为31.5％，小型养殖场数量的比例高达86.2％。如何优化政府管理，重新打通养殖业用地和种植业用地关系，更好的促进畜禽养殖废弃物资源化利用，是当前我国农村发展面临的重要公共管理难题之一。　　现有国内外研究主要从区域（耕地）养殖废弃物资源化利用潜力，养殖-种植用地的宏观布局、数量规划，养殖废弃物无害化处理技术等方面对养殖废弃物资源化利用问题进行研究。对于如何通过管理模式的选择以及相应的政策设计来重新构建种植业与养殖业用地的关系及联系，更好地促进养殖废弃物资源化利用的相关研究还比较少。由于对已开展模式运行能力与污染治理效果等关注不足，缺乏对不同的畜禽养殖废弃物资源化利用管理模式的比较和应用条件分析，在现实中许多政府支持下建设的旨在更好地实现养殖废弃物还田利用的小型、分散养殖粪污治理工程运行出现问题，工程自身适应能力与污染治理效果不理想，甚至成为“晒太阳工程”。在此背景下，及时总结、评价已有管理经验，总结已有管理模式优劣势及适用条件，根据不同地区土地、经济发展、环境污染状况方面选择适宜的管理模式及相匹配的政策，重新构建种植-养殖用地之间的联系，从根本上推进我国畜禽养殖粪污治理、促进农业可持续发展具有重要意义。　　本文尝试构建基于“效果（Effectiveness）-效率（Efficiency）-适应性（Applicability）”分析的畜禽粪污资源化利用管理模式评价理论框架（EEA评价框架），并对已开展的工程或管理模式进行评价分析。通过分析，将江苏省太湖流域地区畜禽废弃物资源化利用管理模式划分为四种类型:（政府）处理中心主导型、种植企业主导型、有机肥企业主导型以及传统的养殖企业主导型。在此基础上选择不同类型管理模式下的典型案例，对其进行基于EEA模型评价的实证研究，通过例证比较不同畜禽废弃物资源化利用管理模式应用于小型、分散畜禽养殖废弃物资源化利用的差别，为不同地区合理选择、优化组合畜禽养殖污染治理管理模式提供参考，同时从“衣牧结合、种养平衡”的角度出发提出政策建议，为进一步促进我国畜禽养殖污染治理和农业可持续发展提供依据。　　研究发现，综合考虑效果、效率与适应性，种植企业、有机肥企业主导型模式的推广范围更广。应根据不同地区种植-养殖产业（用地）关系、污染治理需求、经济发展水平与政府投入能力等，灵活组合应用不同管理模式。转变政府管理职能，协调并重构种养土地之间的关系，从根本上解决畜禽废弃物污染问题。