大熊猫作为保护动物的旗舰种,其生存健康一直是科学家们关注的重点。而肠道菌群与宿主在营养代谢、疾病等方面有密切的关系,对婴儿以及另外几个哺乳动物物种的早期肠道菌群发育动态的研究表明,宿主早期发育时期的菌群定植(colonization)对于宿主后天的肠道生理发育及免疫系统功能的塑造有重要影响。因此,研究大熊猫的肠道菌群对其健康有重要意义。本文选取六只新生大熊猫个体,跟踪监测了其1-17个月间的肠道菌群组成的动态变化。利用二代测序技术对大熊猫207个粪便样品的16S rRNA基因V4-V5可变区扩增子测序,并建立了一套完整的16S rRNA宏基因组生物信息学基础分析流程。运用USEARCH软件过滤测序数据进行序列优化,通过QIIME软件对样品做O TU聚类并分析肠道菌群的alpha多样性,注释到不同分类水平。结果所有样品共得到880个OTU,鉴定出28个门,64个纲,124个目,221个科,442个属。在1-6个月龄、7-12个月龄、13-17个月龄三组之间的菌群alpha多样性比较中,香农指数和观察到的OTU指数整体呈现先上升后下降的趋势,且组间存在显著差异,13-17个月龄的香农指数已基本接近成体大熊猫。同时比较了三个月龄组的OTU丰度以及菌群组成在门和属水平的差异,发现了21个在三组之间丰度明显不同的OTU和66个存在组间显著差异的细菌属,其中有乳杆菌属、狭义梭菌属1以及链球菌属,且乳杆菌属所占比例随着月龄增加逐渐降低,而狭义梭菌属1和链球菌属的比例变化则反之。综上,本文利用生物信息学手段发现了大熊猫肠道菌群在发育过程中存在着动态变化,后续工作可将具体的变化结合宿主的生理功能做深入研究,为大熊猫物种保护提供参考。