1368年明太祖朱元璋即皇帝位,定都南京。明成祖永乐十八年,迁都北京,南京成为留都。自永乐十九年至明亡,南京俱保留一套中央政府机构,包括文职系统的大小九卿,武职系统的五军都督府,以及内臣系统的二十四监局。南京所设立的中央政府机构,与北京同级机构相比,由于政务简省,权力作用远远不及。明人视南京为根本之地,格外留心其安全守卫,南京所设各机构的核心任务为守备留都南京,自永乐末至景泰初,逐渐形成了一套独特的南京守备制度,直至明亡。南京守备官员来自内臣、武臣、文臣三个系统,由内守备数人(内臣),外守备一人、协同守备一人(武臣),参赞机务(文臣)一人组成,共同负责南京的安全事务。内守备统领南京内臣各机构,外守备、协同守备统辖南京五军都督府及所属各卫所,参赞机务主持南京兵部日常事务。与外臣文武相比,南京内守备职掌更广泛,外臣掌管的军国大事,内守备亦有权参与,而南京内府各监局则由其主管。由于得到皇帝的信任和支持,内臣常常凌驾于外臣之上,实际成为第三股势力,内守备在维护南京安全稳定方面亦常起重要作用。南京外守备、协同守备多由勋臣担任,明代勋臣在建国初期位高权重,明初以后武臣权力为文臣所取代,南京外守备、协同守备在维护南京安全中所起的作用不如参赞机务,至于得到皇帝的信任,亦不如内守备,多备位而已。参赞机务多由南京兵部尚书担任,南京各机构中,南京兵部最重要,参赞机务的官衔品级次于南京外守备,权力大于外守备,实际上主持南京守备事务,对南京安全往往起决策作用。南京守备制度是始自永乐二十二年直至明亡,长达二百余年的一种安全制度,是留都南京最重要的政治军事制度。南京内守备、外守备、协同守备、参赞机务同负守护留都重任,在此期间,南京没有发生严重的军事威胁,城池未受到严重的破坏,人民亦能安居乐业。南京的安全与整个政治军事大环境有关,与南京有利的地理因素有关,亦与南京守备这一较为稳定的安全制度有关。南京守备制度延续二百余年,一直未发生较大变化,官员亦为职务最高的内外文武官员,可视为明代职务等级最高,官员设置最完备,制度最为稳定的军事安全制度,有着鲜明的特点,对南京及南直隶的安全起着重要作用。