河南省鱼类DNA条形码数据库构建及隐存种挖掘

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河南省位于我国七大地理分区的华中地区,地处中原,境内具有长江、黄河、淮河及海河四水系,水系发达,大小河流数量共计约1500余条,其中大部分河流发源于西部、西北以及西南部的山区,并且受到地势和山脉走向的影响,使其呈现由西部往东南和东北部放射性分流的格局,据1984版《河南鱼类志》及《河南鱼类补遗》记载,共记载河南省鱼类种类116种隶属8目16科68属。由于特殊的地理位置,加上多变的气候环境导致河南省鱼类资源丰富、种类较多,因此,全面评估河南省鱼类资源具有重要的生态及科学意义,而鱼类鉴定工作是评价鱼类资源多样性的基础。传统分类学由于依赖形态差异进行物种鉴别,但常会因人为因素、地理隔离、两性异性等一系列原因导致鉴定发生误差,DNA条形码技术由于能够减少这些因素所带来的鉴定误差而逐渐应用于物种鉴定,该技术通过一段具有足够变异的标准化短基因片段来对物种进行快速、准确识别及鉴定物种,作为传统形态学鉴定方法的补充及校正工具,DNA条形码技术注重同传统的形态学分类方法相结合,且具有高效、廉价、规范、便捷等巨大优势,成为能够在“种水平”上对物种进行有效鉴别的常用技术,随着技术及方法不断完善该技术还经常并用于探索物种隐存种质资源的挖掘和种群遗传多样性等方面的研究,本文通过构建河南省DNA条形码数据库,探究了河南省鱼类物种多样性,并结合分析结果对花鳅属新种进行了描述,主要结果如下:1.对河南省的89种鱼类的COI基因进行了扩增,获得1069条序列,并基于目前所获得的数据构建了河南省鱼类DNA条形码数据库,物种覆盖度达到全省已知鱼类物种的80%。通过研究结果表明,其中绝大多数物种能够各自形成单系集群并具有较高的支持率,但可能由于系统发育信号不足等原因个别物种存在互相交叉的现象。在NJ系统发育树中,物种互相交叉的现象主要出现在鱊亚科鱼类和鮈亚科鱼类中,高原鳅属鱼类的各种之间的关系也存在少数个体互相交叉的现象,主要集中在黄河高原鳅与粗壮高原鳅之间。本研究,通过分析COI基因序列我们对河南省鱼类资源状况进行了评估,以期能够为后期河南省的鱼类资源研究提供一定的参考数据。另外本研究所获得的测序数据能够为河南省鱼类资源库的构建提供支持,有利于特色鱼类的保护及隐存种质资源的挖掘。2.利用DNA条形码技术对河南省鱼类资源调查中发现的花鳅属疑似新种进行了系统的描述与分析,实验结果表明,通过对DNA条形码技术数据结果结合传统形态学分析,两种鱼都存在不同于已描述花鳅属鱼类的噶氏斑纹,其中双排花鳅(Cobitis duplexmacula sp.nov.)新种身体表面的具有独特的色素沉积噶氏斑纹中L3和L5区域的格局是呈锯齿状整齐交错排布;而线斑花鳅(Cobitis margaritatus sp.nov.)新种中雄性,有四条噶氏斑纹可见,一般情况下不存在L2。L1区域具有是13-19个不等间隔较窄的马鞍状褐色斑块,在我们发现的该样品中雄性在L3区域为一条贯穿身体纵轴的黑色带纹,而在雌性中L3区域在背鳍之前为一条成黑色条纹,此后以一些不规则的形状向后延伸并且与L1区域交叉在一起。且两种鱼与其近缘种建立的系统发育树的结果均显示其单独分出具有高支持率的一支,从而验证了形态学的鉴定结果。
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