本文应用微卫星技术和ISSR技术对绿色草原灰色羊草、绿色草原灰绿色羊草、五里木灰色羊草、五里木灰绿色羊草4个样地合理取样，辐射整个松嫩草原。对39个个体的核DNA的遗传变异进行比较，获得如下结果： 1．引物筛选：分别对10对SSR引物和20个ISSR引物进行了筛选，获得5对徼卫星引物和8个ISSR引物，这些引物进行PCR扩增可获得清晰DNA条带。 2．分别确立了ISSR和微卫星的最佳实验体系，在各自的实验体系下，均可获得清晰指纹图谱。 3．在微卫星实验中，5个座位共检测到了11个位点。其中1A位点、5A、5B、5C位点、6B位点和9C位点为四个样地所共有。6A为绿色草原灰绿羊草所特有，6C为绿色草原灰色羊草所特有。平均基因杂合度分别为0.1995、0.2024、0.1664、0.2639，全部座位平均PIC为0.1792、0.1841、0.1489、0.2343、0.1866。两项指数数值比较接近。说明在这几个基因座位上已明显发生变异，出现种内分化。各品种平均杂合度为0.2080，总群体平均杂合度为0.2088，基因分化系数为0.0035。说明四个品种间在以上几个微卫星座位上的差异较小，尚未分化出不同的生态型。从Shannon指数来看，群体变异程度最大的是五里木灰绿色羊草。 4．在ISSR实验中，8个引物对39个个体扩增，共检测到47条扩增片段，多态片段41条，多态率为87.23％。反映出4个样地间和每个样地内个体间的遗传变异。在种间的遗传相似度的聚类分析中，五里木灰色羊草和五里木灰色羊草遗传距离最近为0.2863，绿色草原灰绿和五里木灰绿羊草之间距离最远为0.3590。从Shannon指数来看，群体变异程度最大的是绿色草原灰色羊草。 5．通过微卫星和ISSR标记对羊草遗传多样性进行检测表明，羊草在群体内和群体间均发生了变异，但并未完全分化为不同种。