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本研究采用18个微卫星标记,对河南省5个地方山羊品种(牛腿山羊、槐山羊、河南奶山羊、太行黑山羊、伏牛白山羊)共计251个个体的遗传多样性进行了分析和研究。通过计算等位基因、多态信息含量、遗传杂合度、哈代温伯格平衡检验、不同品种的优势等位基因和特有等位基因、遗传分化系数、5个山羊群体的Nei标准遗传距离和共祖遗传距离等,对5个山羊群体的群体结构进行了分析;并且对与生长性状相关的6个微卫星位点进行了相关性分析,找到了与生长性状紧密相关的微卫星位点。旨在为山羊遗传资源的合理开发、利用及保护提供科学依据。结果如下:1.采用的18个微卫星标记,在5个山羊群体中进行遗传多样性分析,共检测到211个等位基因,平均每个位点检测到11.72个等位基因。表明所选取的18个微卫星位点在5个山羊群体中多态性较丰富。2.计算了等位基因频率,并以其为基础获得了各群体的平均杂合度、平均多态信息含量和平均有效等位基因数,分别为0.838～0.869、0.807～0.844、3.35~13.15。说明这5个山羊品种遗传变异大,遗传多样性丰富,遗传基础比较广泛。3.找到了不同群体的优势等位基因和特有等位基因。优势等位基因体现了群体特征,稀有等位基因具有较大的经济价值。4.计算了总群体杂合度、亚群体杂合度和遗传分化系数,结果表明群体间的变异程度占总群体的3.4%,群体间变异程度不高。5.计算了Nei氏标准遗传距离和共祖距离,结果表明品种间的遗传距离变异不大。根据Nei氏标准遗传距离和共祖距离,分别进行了NJ和UPGMA聚类,结果表明NJ聚类图和UPGMA聚类图结果较一致。6.本试验所选用的18个微卫星位点大部分处于哈代温伯不平衡状态,这可能与群体的数量和采样或选择、迁移、遗传漂变等有关。7.用SAS6.12软件对与生长发育性状相关的6个位点进行了方差分析,分析得出与生长发育性状相关的5个微卫星位点,分别为:BM6444,MAF70,BM315,BM1818,BMC1206;并且找到了每个位点对具体性状有正、负效应的等位基因。