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孢子丝菌病（Sporotrichosis）是一种急性或慢性的皮下组织真菌病，人们常常因为外伤接触被孢子丝菌（Sporothrix）污染的植物或土壤而致病，部分可因被带菌的动物咬伤或抓伤而感染。申克孢子丝菌（S.schenckii）自1898年首次被Schenck从孢子丝菌病人患病组织中分离出来，故命名为申克孢子丝菌，曾被认为是孢子丝菌病的唯一致病菌，主要通过形态学进行鉴定。近年，运用分子生物学研究方法，发现申克孢子丝菌是包含至少六个隐含种的申克孢子丝菌复合体（S. schenckiiComplex），各基因型与地理分布之间存在一定联系，且不同孢子丝菌菌种的临床致病性及抗真菌药物敏感性不同。孢子丝菌病在全世界广泛分布，我国以吉林、黑龙江、辽宁等地区发病率较高。以往我国采取形态学鉴定方法，将致病菌简单地归类为申克孢子丝菌，但尚存在不同的临床表型及药物敏感性。周汛等运用ITS序列进行系统发育分析，首次发现来自我国（重庆）的孢子丝菌临床菌株均为球形孢子丝菌。因此，进一步研究我国孢子丝菌病致病菌种对明确孢子丝菌分布与孢子丝菌病临床诊疗有重要意义。本研究旨在大量收集中国地区孢子丝菌临床分离株，扩增出基因组全长内转录间隔区（ITS）序列及部分β-tubulin序列进行分子系统发育分析，以明确我国孢子丝菌病病原菌的菌种。本研究收集了来自重庆、吉林、北京共64株经形态学鉴定为申克孢子丝菌的临床分离株，分别提取基因组DNA，对ITS及β-tubulin序列进行扩增、测序，从GenBank获得参考序列，运用ITS联合β-tubulin多序列比对进行系统发育分析。结果：本研究成功获得ITS全长及β-tubulin部分序列，长度分别约600bp和450bp；采用最大简约法(MP)成功构建最优系统发育树；64株（100%）孢子丝菌临床分离株与球形孢子丝菌（S. globosa）模式菌株位于发育树的同一分支，支持率为99%。研究结果表明，中国地区孢子丝菌病临床致病菌以球形孢子丝菌为优势菌，而非普遍认为的申克孢子丝菌，ITS和β-tubulin能有效地对孢子丝菌复合体各菌种进行鉴别。我们可以利用孢子丝菌各菌种多位点序列差异，设计种特异性引物，快速准确地完成孢子丝菌种的鉴定。