国家审计是国家治理过程中一个必不可少的工具，国家审计应承担起有效防范经济社会运行风险、积极健全经济社会运行体制和机制、推动实现国家良性治理、促进经济和社会科学发展的职责。在政府绩效评价工作日益发展的背景下，推进国家审计机关绩效评价工作有着重要的理论与实践意义。我国社会正在呈现出越来越强的项目型特征，建设项目型政府在我国有一定的现实性。在项目型政府的背景下，国家审计机关具有非常典型的项目型特征，其绩效评价体系也应该具备项目型的特点。由于工作内容的特殊性，审计机关的绩效评价系统具有不同于一般行政部门的复杂性与独特性。根据国家审计机关绩效评价指标构建的原则以及项目型政府视角下审计机关的工作特征，构建了国家审计机关绩效评价的模型。在此基础上，运用层次分析法，结合Matlab7.1软件对指标体系进行一致性分析、为各个指标赋予权重，得出了国家审计机关绩效评价的数学模型。论文选取了A省审计厅与B省审计厅两个审计部门为对象，用已建立的绩效评价模型对两个对象的绩效指数进行计算，并进行比较分析，提出了以项目为导向发展国家审计机关、以审计项目与常设机构为评价维度、有效配置审计资源、加强跟踪与整改力度等建议。