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目的了解西部农村留守青少年性健康知识水平，评价农村留守青少年性健康不同干预模式的效果，探索适合西部农村留守中学生的健康教育模式。方法参考相关文献资料自行设计性健康知信行调查问卷。多阶段整群随机抽取重庆农村地区8所农村中学进行性健康知识现况调查，每个中学初一至高三各抽取二个班，问卷调查2311名中学生的性健康知识知晓情况。问卷进一步做信度和效度评价，合格后根据健康教育方法在四川达州进行基线和干预研究，采用问卷调查-干预-再次问卷调查模式，多阶段整群随机抽取四川达州3个农村中学，每个中学抽取6个初二班级，每个学校的6个班级的学生按班级随机分入3个干预组（A同伴教育组，B传统教育组，C空白队长组），对抽中的初二班级全体学生进行性健康干预，收集分析前后2次问卷调查的数据以评价干预的效果（知识、态度和行为改变）。结果根据2089份有效现况调查数据，985名留守青少年(占47.2%)的性健康知识知晓率23.5%低于非留守青少年知晓率29.1%（χ2=8.470，P=0.004）,初中组留守青少年中女生知晓率17.6%高于男生知晓率9.4%（χ2=6.825,P=0.011）,高中组留守青少年中女生知晓率34.4%高于男生24.1%（χ2=6.5455,P=0.011），多元Logistic回归分析显示，男生（OR=1.390，95%CI：1.220～1.526），低年级（OR=0.531，95%CI：0.287～0.874），父母离异或再婚（OR=0.668，95%CI：0.494～0.873），较少或未开展性健康教育（OR=0.693，95%CI：0.439～0.937）是留守青少年低认知危险因素。达州基线和干预研究结果显示同伴教育组的性健康知识总知晓从29.4%提高到55.3%，知识平均分从6.77±3.14提高到8.61±2.88(P=0.001)。传统教育组的总知晓率31.0%提高到57.5%，平均分从6.89±2.91提高到7.41±3.11(P=0.024)。对照组前后平均分差异无统计学意义。同伴教育组干预组知识平均分（8.61±2.88）高于传统教育组（7.41±3.11），平均分差异1.19(95%CI0.58～1.81)。干预组正性态度率提高（P<0.05），负面行为率降低（P<0.05）。结论重庆留守青少年性健康知识认知水平总体偏低，留守青少年知晓率低于非留守青少年，女生性健康知识水平总体高于男生，知识结构存在性别差异，对农村留守中学生的性健康干预取得了明显效果，同伴教育方法更适合留守农村中学生的性健康教育，干预的中长期效果需要进一步研究。