基于计算机的微生物代谢通路重构与在线平台建设

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为了了解生物体内生化问题,代谢通路的重构工作已成为生物信息学领域的重要研究内容;然而现在已有的研究都致力于构建生物体内具有生理学意义的通路,但没有涉及到化合物产量的问题。本文主要从高产量代谢通路的重构这个方向开展工作。本文首先对KEGG下载的生化数据进行预处理,剔除通用化合物与小分子化合物获取反应对并构建反应矩阵;然后根据文献报道的化合物产量的影响因素(反应对计量系数、化合物连通度、反应可逆性系数)设计加权函数,基于广度优先搜索算法搜索代谢通路,并利用加权函数对代谢通路计算其通路分值,该分值即为通路中单位初始化合物对应的目标化合物的产量;最后利用Apache+PHP+MySQL技术,搭建微生物代谢通路在线搜索平台,该平台可以实现单物种搜索、物种比较搜索、虚拟物种搜索、约束条件搜索、化合物结构相似性搜索和蛋白质相互作用预测等功能。本文通过计算机重构出大量的理论上产量高的代谢通路,为了解生物体的生化问题提供数据支持,并在适当的条件下引入到宿主菌中,可以用于工业代谢物的合成。
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