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亚麻是我国重要的经济作物，其纤维是重要的纺织原料。在纺织工业中，木质素是脱胶工艺和纺织品质量的制约因子，且去除木质素过程中的废水造成严重的环境污染。因此，利用基因工程手段降低木质素含量或改变其组分，从原料上解决造纸及纺织业的污染问题，已成为国内外研究的热点之一。本研究克隆了亚麻木质素合成关键酶基因COMT和4CL的全长序列，并利用生物信息学对其进行分析；利用构建的亚麻COMT基因的RNA干扰载体，进行了农杆菌介导的亚麻下胚轴遗传转化研究，取得的主要结果如下：（1）根据已知的亚麻COMT和4CL基因片段设计引物，采用RACE法分别获得该基因cDNA全长序列。将COMT和4CL基因的全长序列在GenBank中登录，获得登录号分别为KC832864和KC832865。COMT的cDNA全长序列为1726bp，含有1104bp完整的开放阅读框。在GenBank中亚麻COMT与其他物种（赤桉、银合欢等）的COMT序列具有较高的同源性；COMT编码的蛋白质相对分子量为40KD；等电点pI为5.7；含有最多的氨基酸是亮氨酸；蛋白质二级结构中主要是α-螺旋；三级结构预测与二级结构预测结果一致，利用MEGA4.0构建的亚麻COMT与其他物种的系统进化树中，亚麻与赤桉的亲缘关系最近。4CL的cDNA全长序列为1957bp，含有1650bp完整的开放阅读框。Blast分析结果表明，在GenBank中亚麻4CL与其他物种（欧洲花楸、盐芥、沙梨等）的4CL序列具有较高的同源性。4CL编码的蛋白质相对分子量为60KD；等电点pI为5.3；含有最多的氨基酸是亮氨酸；蛋白质二级结构中主要是无规则卷曲。三级结构预测与二级结构预测结果一致，利用MEGA4.0构建的亚麻与其他物种的系统进化树中，亚麻与盐芥的亲缘关系最近。（2）亚麻木质素合成关键酶基因的遗传转化研究利用木质素合成关键酶基因COMT的RNA干扰载体，通过农杆菌介导法转化亚麻下胚轴，优化了亚麻品种派克斯的遗传转化体系。优化后的亚麻遗传转化体系为：使用MS1培养基作为遗传转化的基本培养基；取对数生长期的菌液在含AS的YEP培养基(不含抗生素)中活化6h；下胚轴预培养3d，在OD600值为0.5~0.8的菌液中侵染30min；共培养基中添加AS；共培养4d，共培养温度20℃；延迟6d进行选择培养；脱菌抗生素选用氨苄青霉素，使用浓度300mg/L；选择标记抗生素为潮霉素，愈伤形成及分化时使用浓度为25mg/L，生根时使用浓度为9mg/L；筛选培养基中添加5mg/L的AgNO3可以明显降低下胚轴的褐化率。（3）再生苗的检测对获得的再生苗进行了GUS检测和PCR检测。通过GUS染色再生苗的叶片呈现蓝色，PCR扩增出目的条带，说明目的基因已整合到亚麻基因组中。