基于流式细胞仪分析研究云南大型真菌基因组大小的变异与进化

来源 :昆明理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhougtz
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核DNA含量是生物学研究中的重要基础性指标。流式细胞仪作为检测基因组大小的高效工具,在生物学研究的多个领域中都发挥了极其重要的作用。真菌因味道鲜美,营养丰富,一直为科学家们所关注;而云南得天独厚的气候和植被条件为各种真菌的生长、分化提供了良好的“家园”。为了完成云南地区多种大型真菌基因组大小的测定,本研究首先对流式细胞仪测定真菌基因组大小的方法和参数进行了改良,然后采取多次重复取平均值的策略,成功地测定了 27种真菌的基因组大小,结果显示它们的基因组大小波动较大,介于39.94~504.48 Mb之间。为了进一步验证实验的可靠性,本研究运用二代测序技术对随机选取的9个真菌物种进行了基因组测序,基于Kmer的分布估算了这9个物种的基因组大小,结果显示Kmer的结果与流式分析的结果大体一致,基本验证了流式分析方法的可靠性。最后,为了解析真菌基因组大小的动态变化,本文利用已发表的真菌物种的ITS序列构建了真菌的系统发育树,将真菌物种间的近缘关系与基因组大小进行关联性分析。结果发现,大部分关系较近的真菌,其基因组大小也会相对比较靠近,呈现一定的正相关性;但也有个别真菌与其亲缘关系相近的真菌相比,其基因组过大。通过对已发表的真菌基因组文献进行搜集和检索,发现真菌的基因组大小变化可能与重复序列的含量或多倍化相关。最终本研究使用优化后的流式细胞分析的方法成功地测定出了 27种大型真菌的基因组大小,为真菌的基因组学的研究提供了基础性数据。
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