家系选育是水产动物选择育种的重要手段，而刺参的大规模家系选育技术尚未取得突破。本研究以项目组前期保存的不同地理种群刺参为亲本，构建刺参家系，并对所构建家系苗种的体长、体重、刺列数、刺总数、抗灿烂弧菌侵染等生长和抗逆性状进行评价，此外，以家系为实验材料，初步构建刺参遗传连锁图谱构建。主要研究结果如下：1.以前期构建的刺参亲本资源库中的日本野生刺参(RC)、青岛野生刺参(QW)和多刺海参(DC)这3个地理群体的刺参为基础，采用人工受精的方式构建了11个全同胞家系。通过对家系亲本生长性状、繁殖性的测定及亲本遗传多态性分析得出：产卵量与母本体重正相关；受精率、孵化率、后期的变态附着率与亲本体重成正相关，畸形率与亲本体重成负相关；整个亲本群体具有较丰富的遗传多样性，从家系配伍的角度看，F7家系的双亲具有多态性位点比例，F3和F10家系的双亲具有最少的遗传多样性位点。F5家系亲本的遗传距离最小为0.02，F9和F11家系父母本的遗传距离最大为0.21。2.对11个家系3月龄、6月龄、12月龄的苗种进行随机取样，测定其体长和体重，分析得各家系苗种在相应月龄的生长差异，得出12月龄是进行各相关性状评价的较好时机。以12月龄的刺参苗种的体长、体重、刺列数、刺总数4个性状测定数据为分析对象，用SPSS软件对生长性状数据进行分析，同时对各性状的差异进行家系间的方差分析，结果表明，对于体长、体重、刺列和刺数这4个性状，家系间差异均较大，F检验均为极显著水平，4个性状在家系间的一致性较差。综合11个家系的生长性状表现可以得出采用日本刺参（RC）为母本与多刺海参（DC）为父本所构建的家系家系在生长性状上都有较好的表现，而以野生刺参（QW）为母本的杂交组合所构建的家系在生长性状上表现欠佳。通过对不同家系进行连续的攻毒感染实验结果分析表明，抗病力较强的家系是F6（QW×RC）、F5（RC×QW）2个家系，存活率依次为87%和77%。抗病力较弱的家系是F4（RC×QW）、F11（RC×DC）两个家系存活率仅为12%和17%。由此可以看出，以青岛野生刺参（QW）为母本，所构建的家系在抗病力方面表现良好。通过家系亲本遗传多态性及子代生长性状和抗逆性状的综合分析得出，子代生长性状和抗逆性状的优势度与亲本性状存在相关性，与母本的相关性最大；与亲本的遗传距离无显著相关性。本研究结果可为刺参家系构建基础材料并对家系构建策略制定提供基础数据。3.以双亲具有最多遗传多样性位点的F7家系亲本及子代为作图群体，运用拟杂交策略和AFLP和微卫星DNA分子标记技术，利用Join Map3.0软件，初步构建了刺参雌、雄遗传连锁图谱。在刺参雌性遗传连锁图谱中，包括22个连锁群共119个标记（108个AFLP和11个SSR），22个连锁群的长度为10.2-116.1cM，各连锁群的标记个数为2-10个，计算所得的标记平均间隔24.6cM，标记间的最大间隔为67.1cM。计算得到框架图的长度分别为497.26cM，加上连锁对和三联体，图谱的总长度分别为1108.68cM，估计基因组的长度平均值为2304.62cM，对应的图谱覆盖率为48.11%。在刺参雄性遗传连锁图谱中，包括9个连锁群共85个标记（78个AFLP和7个SSR），9个连锁群的长度为5.4-124.5cM，各连锁群的标记个数为2-18个，长度为3.2-149.2，计算所得的标记平均间隔21.1cM，标记间的最大间隔为47.8cM。计算得到框架图的长度分别为302.41cM，加上连锁对和三联体，图谱的总长度分别为484.32cM，估计基因组的长度平均值为891.36cM，对应的图谱覆盖率为54.33%。