分子生物学研究已经进入了系统生物学时代。我们认为生物分子间的相互作用以及其构成整体的运转调控机理是生命系统最为重要的特征，系统中各种元件之间的相互作用是我们主要的研究对象，而其研究的方法核心就是整合。　　 我们从系统生物学的角度出发，以RNA(特别是非编码RNA，即ncRNA)为核心，分别探究ncRNA与mRNA，ncRNA与蛋白质，ncRNA与基因组DNA之间的相互关系。本论文阐述了此前已经完成的两项初步探索性的工作：一是针对ncRNA与蛋白质相互作用的数据挖掘工作，另一个是针对线虫ncRNA与基因组DZA的DNaseI高敏感位点关系的研究。　　 我们认为蛋白质相互作用网络并不能全面反映生物功能大分子网络的全貌，ncRNA是一类重要的功能元件，网络至少应该是二元的。所以，我们开展了ncRNA与蛋白质相互作用数据的挖掘工作，整个过程是一个自动文献挖掘结合人工校验的数据筛选过程，收集到了700条ncRNA与蛋白质相互作用的实验信息，涉及六个物种，几十种ncRNA，我们首次为这些相互作用进行了系统的分类，构建起了国际上第一个专门的ncRNA与蛋白质相互作用数据库，为二元生物大分子网络的构建提供了一部分数据基础，尝试了RNA与蛋白质层面的初步整合。　　 我们还认为ncRNA在控制染色质高级结构与转录调控方面有着重要的功能，所以，我们以线虫为模型，DNaseI为探针，结合高通量芯片检测平台，设计了一套实验流程，获得了第一套线虫成虫期全基因组DNaseI高敏感位点谱。以此为基础，我们分析了这些基因组热点功能窗口区域与ncRNA，核小体定位，基因表达以及线虫特有的operon之间的关联，得到了一些很有意思的结果，提出了我们的假设，初步建立了ncRNA与基因组DNA上面的作用靶点之间的联系，也为线虫功能基因组学的研究提供了有益的数据参考。　　 虽然，随着技术的飞速发展，数据与各种信息海量递增，但是今天，我们仍然没能给出一“What is a gene?”这个分子生物学核心问题以一个明确的答案。