马肝炎病毒(Equine Hepacivirus,EqHV)、马持续性G病毒(Equine Pegivirus,EPgV)和泰勒病相关病毒(Theiler’s Disease-associated Virus,TDAV)是三种新发现的马属动物黄病毒。自首次报道以来,在世界马群和马血清制品中均有检测到EqHV、EPgV和TDAV这三种病毒。到目前为止,国内关于马血清和马血制品中检测新发马黄病毒的报道较少。黄病毒的病毒核酸在遗传进化过程中容易发生突变,而且目前国内外对于马新发黄病毒的遗传信息的报道较少,所以本研究对国内这三种马新发黄病毒的流行状况进行检测,并对其遗传信息进行分析。目前国内尚未有对商业马血清及马血制品中黄病毒的检测,为了检测商业马血清和马血制品中新发马黄病毒的流行情况,本研究购买了9份用于细胞培养的商业化马血清和6份PMSG,通过巢式PCR和普通PCR对病毒较为保守的NS3基因进行特异性扩增,其中2份商业马血清样品鉴定为EqHV和TDAV阳性,2份鉴定为EqHV、EPgV和TDAV阳性,其余所有的PMSG样本这三种病毒检测结果都是阴性。据测序并基于这三种病毒部分NS3基因遗传分析显示,商业化马血清样品中有多种EqHV、EPgV和TDAV毒株。为了探索马群中新发马黄病毒的流行情况,本研究在2015-2017年间从广州和内蒙古共收集到94份马血清样品,通过巢式PCR和普通PCR对病毒NS3基因进行特异性扩增。其中5份马血清样品鉴定为EPgV阳性,其中内蒙古的阳性率为4/47(8.5%),广州的阳性率为1/47(2.1%),根据部分NS3基因遗传分析显示45号和46号在同一个分支中,其余三株在另一个分支中。6份马血清样品鉴定为EqHV阳性,其中内蒙古的阳性率为1/47(2.1%),广州的阳性率为5/47(10.6%),根据遗传分析显示全部在一个分组之中。本研究从中国收集到的52份马血中筛选鉴定出一株EPgV(LW/2016),并通过PCR获得其接近完整的基因组序列。对其核苷酸序列的进一步分析表明,LW/2016与C0035核苷酸序列相似度为89.02%。基于NS3和NS5B基因构建的遗传进化树分析表明,这两株病毒进化成为两个独立的分支。到目前为止,这是国内首次报道EPgV基因组的遗传演化分析。本研究中对中国2015年至2017年收集的商业化马血清、赛马血清以及使役马血清进行EqHV、EPgV和TDAV检测和遗传演化分析。为中国新发马黄病毒的检测和研究奠定了基础,为中国马属动物疾病的预防提供技术支持。