玉米种子真伪和纯度检验对玉米生产具有重要意义。基于玉米品种纯度及其真伪鉴定实践中送检方在提供杂交种子的同时均需提供父母本，以作为模板对照鉴别杂交种。但处于品种保护及商业秘密，送检方不愿或无法提供亲本种子，给检测工作带来很大的难度。同时在玉米杂交种选育及生产中，存在使用他人培育或拥有的自交系而却逃避使用义务，使培育者和产权拥有者难以维权保护。而玉米 F1 代种子的种皮组织基因组和母本自交系基因组完全相同，本研究就是借助这一特点同时使用 SSR 标记技术，分离 F1种子种皮之后，初步建立一套以 F1代种子为实验材料经 SSR 引物扩增，获得父本、母本全套 DNA 指纹图谱的技术体系。内容包括：1． 通过分析比较，确定快速、干净分离的碱溶法作为种皮分离方法。同时对种皮组织和种子胚 DNA 提取方法及 PCR，进行优化及确定最佳反应体系筛选。2． 从 162 对 SSR 引物中筛选出 30 对主带清晰，带型稳定，重复性好的引物。30 对引物在 60 个亲本自交系中共检测出 119 个 等位基因，平均 3.9 个，每对引物可以检测到 2-7 个数目不等的等位基因；片段大小介于 73 bp-527bp 之间；多态性信息量为 0.24-0.82 ，平均为 0.56 。30 对 SSR 引物 PCR 扩增玉米单交种京科 9、京科 2、农大 108、京早 13 和唐抗 5。得到每个单交种的多份双亲互补 DNA 指纹图谱及多个双亲互补型引物。3． 借助双亲互补型引物，将杂交种及双亲和杂种种皮共扩增，获得种皮 DNA指纹图谱。经 Jaccard 公式计算得出：种皮 SSR-DNA 指纹与母本 SSR-DNA 指纹相似系数为 1，验证了两者基因组成相同。以种皮 SSR-DNA 指纹对人工掺杂亲本籽粒的 SC704 杂交种种子进行了纯度准确验证，从 94 粒混合玉米籽粒中，准确检测出混入的 5 粒父本和 4 粒母本；以种皮 SSR-DNA 指纹为标准，在实践检验中对 10 份农大 108 大田种子进行纯度检测，检测纯度平均 92%和田间种植鉴定纯度 92.5%相近；认为以种皮 DNA 指纹为参照进行品种的纯度检测是准确可靠的。4． 确立了以 F1 种子种皮指纹图谱为参照标准对照，实施玉米种子纯度检测及进行亲本自交系真实性鉴定的技术操作标准。