滨海湿地具有重要的碳汇能力和向海洋输送碳的能力。红树林是重要的滨海湿地类型，关于中国红树林土壤碳动态还缺乏系统的研究。分布于东南沿海的中国红树林受到强烈的人类干扰和互花米草入侵的影响。本文以福建漳江口红树林自然保护区和广东湛江红树林自然保护区的典型红树林群落为研究对象，比较了不同类型红树林生境土壤基本理化性质、土壤有机碳库量，并系统研究漳江口红树林生态系统的土壤有机碳的来源及横向输出以及互花米草入侵对红树林土壤有机碳的影响。主要结果如下:　　漳江口红树林和湛江高桥土壤有机碳库水平仅为热带红树林的四分之一。漳江口红树林土壤的有机碳含量与总碳含量没有显著差异，红树林0-60 cm深度土壤有机碳库显著高于入侵植物互花米草群落，后者显著高于光滩;高桥红树林中通量塔附近的木榄和桐花树群落0-60 cm深度土壤有机碳库显著高于靠近河流上游的无瓣海桑人工林，后者显著高于与其紧邻的桐花树林。漳江口红树林（白骨壤和秋茄）表层土壤的有机碳主要来源于红树林，互花米草群落为主要来源于红树林和互花米草，两者比例相当。0-60 cm剖面上，植物对土壤有机碳的贡献随深度增加而降低。两种红树植物对稳定态碳的贡献率高于有机碳，而互花米草相反。漳江口红树林潮沟溶解无机碳(DIC)存在净输出，但数据偏离δ13C和[DIC]的逆一次线性回归方程，说明在强烈干扰的红树林，由于存在不确定的来源，使得稳定同位素的应用受到了限制。