蛋白质是维持机体生命活动所必需的物质基础，与各种生命活动紧密相关。蛋白质在各种界面的相互作用下折叠形成正确的构象，并且发挥其各项功能，维持正常的生命活动。蛋白质一旦发生折叠错误，会发生构象及功能的改变，甚至会引起相关的蛋白质构象病。蛋白质在界面的驱动力包括共价连接及非共价的氢键、疏水相互作用、静电力相互作用及π-π堆叠相互作用等。基于蛋白质在界面的各种相互作用，本论文的主要研究结果如下:　　(1)氨基酸侧基对多肽组装稳定性的研究。氨基酸主要分为非极性氨基酸、极性不带电氨基酸、极性带正电荷氨基酸及极性带负电荷氨基酸，我们根据氨基酸侧基的亲疏水性及带电荷的性质，选择了五种典型氨基酸，并设计了七对具有正反序列的模型多肽。通过扫描隧道显微技术(STM)对其在高定向裂解石墨(HOPG)表面的组装结构进行了表征和研究，对多肽组装的长度进行了统计和分析。结果发现多肽的长度与N端氨基酸组装的稳定性紧密相关，并且与氨基酸在淀粉样多肽中的聚集趋势相吻合。通过对模型多肽的组装长度及折叠位点分析，我们得到了氨基酸对多肽组装稳定性的影响规律为F＞N＞A＞H＞D，对相关淀粉样多肽的聚集规律及药物的设计提供一定的思路。　　(2)由多肽配基诱导的人血清白蛋白(HSA)变构效应的研究。HSA分子能够结合及运输血液中的药物分子、多肽及其他配基，能够提高药物的溶解性及延长药物的半衰期，并且可以改善药物的代谢动力学，在医学及药学上是十分重要的生物分子。多肽SA06是与HSA分子有较强结合力的亲和肽，通过将其引入到药物分子可以实现药物与HSA的结合，从而提高药物半衰期和优化其分布和代谢等一系列指标。基于蛋白质的变构效应，利用圆二色光谱技术及分子对接技术，我们获得了多肽SA06是与HSA分子复合体系的相互作用机理及结合位点，从而为多肽的优化及结构的调整提供了帮助。　　(3)EpCAM靶向多肽与Abraxane偶联用药的生物学效应研究。Abraxane是FDA批准的用于乳腺癌及非小细胞患者一线治疗的化学药剂，是人类白蛋白结合型紫杉醇。白蛋白的加入提高了紫杉醇的溶解性并显著降低了患者的过敏反应及血液和周围神经毒性，但是Abraxane的临床药效比使用紫杉醇并没有明显差异。基于本课题组筛选得到的EpCAM靶向多肽Pep10与抗体偶联药物的设计理念，我们用马来酰亚胺基团对Pep10进行修饰，并通过与HSA分子中游离半胱氨酸的结合得到PepB-Abraxane，实现了靶向多肽与药物的偶联。通过流式细胞术、激光共聚焦显微技术及细胞毒性等方法对靶向多肽偶联药物PepB-Abraxane的靶向性及药效进行了评估，证实其药效比单独的Abraxane用药要好，而且比Pep10与Abraxane物理结合的效果更好。