我国南方地区水资源相对丰沛,但是雨水时空分布不均,水资源利用率低,受水区季节性缺水问题较为突出。因此,在水资源总量以及现状水源工程规模有限的情况下,进行水资源优化配置,合理分配和利用水资源,以提高水资源的利用率,有效缓解地区缺水问题显得尤为重要。本文在国内外相关研究的基础上,构建了南方地区“一库两站”水资源优化配置模型,基于水库调度准则判断性约束,提出了一种改进遗传算法,并以南京市六合区赵桥灌区为例开展相关研究,主要有以下成果:（1）以一座水库和两座补水泵站（一座补库泵站和一座补渠泵站）系统为研究对象,构造了“一库两站”水资源优化配置复杂系统非线性模型,模型以各时段的供需水量之差的平方和最小为目标函数,以水库供水量、补渠泵站提水量为决策变量,以“水库—补渠泵站”系统年可供水量、补库泵站提水量、补渠泵站提水量和水库调度准则为约束条件。（2）针对传统遗传算法等这类现代智能算法,无法解决水库调度准则这类带有判断性约束的最优化问题,本文在传统遗传算法的基础上,对约束条件进行分开处理,构建不同的适应度函数,通过比较分析,基于水库调度准则判断性约束,提出了一种改进遗传算法。相较于传统遗传算法,该方法可以更好的适应水库调度准则,为解决南方地区“一库两站”水资源优化配置问题提供参考。（3）以南京市六合区赵桥灌区为例,进行实例研究。分别在来水频率为50%和75%情况下,利用常规调度方法配置水资源。构建赵桥灌区“一库两站”系统水资源优化配置模型,采用改进遗传算法求解模型,求出受水区最小缺水量、水库最优供水量、弃水量过程,补库泵站、补渠泵站最优补水量过程。将改进遗传算法与常规调度进行分析对比,结果表明:在来水频率为50%时,缺水量减少3万m3,弃水量减少35万m3。在来水频率为75%时,缺水量减少11万m3,弃水量减少10万m3。将改进遗传算法与传统遗传算法进行分析对比,结果表明:在来水频率为50%时,缺水量减少31万m3,弃水量减少20万m3。在来水频率为75%时,缺水量减少19万m3,弃水量减少15万m3。（4）利用Visual Basic软件开发了南方地区“一库两站”系统水资源优化配置模块。对采用类似“一库两站”系统供水的部门或单位进行水资源管理提供参考。