我国民事公益诉讼起诉主体制度是基于当事人适格理论突破而为的制度设计,立法对一定社会主体进行程序赋权,使其能够以起诉主体的身份启动公益诉讼,进而维护公共利益。起诉主体是搭建民事公益诉讼制度的基石,正是适格主体的进入使得公共利益不再因抽象的外在形态而缺失救济可能。我国民事公益诉讼起诉主体制度尚处于初创阶段,现行制度困境主要集中于三个方面,即起诉主体类型化问题、起诉主体主动性问题、起诉主体公平性问题。这是设计我国民事公益诉讼起诉主体制度无法回避的核心议题,其中类型化侧重于解释起诉主体存在问题,主动性回应了起诉主体有效存在问题,公平性回答了起诉主体优效存在问题,三者在逻辑结构上呈现递增关系。本文通过文献研究法和实证研究法,围绕现行起诉主体制度面临的困境,探讨我国民事公益诉讼起诉主体制度的完善。现行立法肯定了检察机关、公益组织的起诉主体资格,但民事公益诉讼起诉主体类型化问题并未得到妥善解决,一方面,现行起诉主体的法律地位存有争议,另一方面,程序设计并未预留制度补救空间以期在当前适格主体履职不能时仍能有效维护公共利益。因此有必要明确现行起诉主体的法律身份,同时拓宽起诉主体范围,鼓励公民等社会成员参与到公益诉讼之中。起诉主体与公共利益之间不存在直接利害关系,也不直接承担判决不利的后果,在诉讼经济成本和时间成本的双重挤压之下,起诉主体的诉讼积极性势必受到干扰。搭建完善的诉讼激励机制是解决主动性问题的必由之路。民事公益诉讼起诉主体与被诉主体双方在诉讼追求和诉讼资源占有度上呈现出显著差异,这无形中导致了两者在诉讼展开过程中处于实质不平等状态。为弥补诉讼结构上的失衡,实现程序正义,有必要强化法院在民事公益诉讼中的地位和作用,以期实现两者在诉讼地位和攻防能力上的均衡。