猪VEGF基因5'调控区多态性的检测及其与产仔数的相关分析

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血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)是一种同源二聚体糖蛋白,是血管内皮细胞高度特异的有丝分裂原,能诱导血管生成和血管通透性变化,在血管发生过程中起着举足轻重的作用。本研究以猪VEGF基因作为影响猪产仔数的候选基因,选用大白猪、长白猪、圣特西猪、皮特兰猪为实验材料,采用单核苷酸构象多态性(single-strand conformationpolymorphism,SSCP)方法对猪VEGF基因进行了单核苷酸多态性的检测与分析,探讨该基因作为猪高产仔数性状的遗传标记的可能性。 通过在GenBank中进行BLAST比对,得到了一个猪的BAC克隆片段(GenBank登录号:CT009664)包含VEGF基因全序列。根据该序列,设计了13对引物,进行PCR-SSCP检测和分析,产物覆盖猪VEGF基因第一外显子和5调控区共2864 bp长片段。发现了3个单核苷酸多态性位点(SNPs)即:引物P4的G→A(起始密码子上游第773位碱基),引物P7的A→G(起始密码子上游第1489位碱基)和引物P9的C→T(起始密码子上游第1772位碱基)突变,且都存在三种基因型。X<2>检验结果表明,在这三个位点上检测群体都处于Hardy-Weinberg平衡。 对三个突变位点突变前后的转录调控因子的预测,发现P4位点发生G→A转换后,减少了两个调控元件结合位点,分别是转录因子GKTA-1(预测分值90.6)和转录因子GATA-2(预测分值87.7);其他两个位点突变前后未造成任何可能的调控元件和蛋白结合位点的改变。 对各猪种产仔数的最小二乘分析结果显示:引物P4突变位点的基因型效应对总产仔数影响极显著(P<0.01),对产活仔数影响显著(P<0.05)。对大白猪而言,AA型和AB型是总产仔数和产活仔数优势基因型,总产仔数比劣势AA型高出2.22头和2.15头,差异极显著(P<0.01),产活仔数分别高出1.81头和1.78头,差异显著(P<0.05):对大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪所有品种和胎次统计而言,AB型和AA型是优势基因型,总产仔数分别比劣势BB型高出2.18头和2.16头,差异极显著(P<0.01),产活仔数分别高出1.79头和1.77头,差异显著(P<0.05)。以上结果提示VEGF基因5调控区内P4突变位点和猪产仔数极显著相关。
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