自《专利法》颁布并几经修改后,专利复审委员会的名字就一次次的出现在行政诉讼的被告席上,尤其是近几年成明显上升趋势。这样的情况带来了很多问题,例如专利复审委员会不堪重负,疲于奔波在复审工作和法院诉讼中,又如在诉讼中,其原本“居中裁判者”的角色受到冲击,不得不扮演专利无效申请两方当事人中的一方。根据我国目前法律的规定,对专利确权实行的是行政与司法双重保护,且行政救济前置。这样的安排在实践操作中又会带来一些的问题。例如,在法院作出撤销专利复审委员会复审决定之后,专利复审委又作出一模一样的决定,造成循环；又如专利确权行政诉讼中又涉及到行政诉讼与民事诉讼的交叉。如何处理这种交叉目前学界并没有统一的认识。实践中,2009年7月1日刚刚正式实施的《最高人民法院关于专利、商标等授权确认类知识产权行政案件审理分工的规定》将专利复审决定统一纳入了知识产权审判庭的审理范围,但这种笼统的划分并没有将法院审判的职能划分清晰。对于由专利复审委员会做被告的案件,到底按照民事诉讼程序还是行政诉讼程序来审理并没有明确的规定,引起了学界的争议。如何解决专利确权诉讼中的问题,便是本文探讨的重点。为了解决该问题,笔者首先分析了专利确权行政保护与行政诉讼保护的合理性,尤其是对专利确权做了定性分析,得出其非民事属性,从而应进行行政诉讼保护而非民事诉讼。同时提出了笔者自己的建议,即在我国建立专利行政附带民事诉讼制度解决专利权民事与行政诉讼交叉的问题,并通过完善专利陪审制度解决行政诉讼中涉及专利权技术部分的难题。另外,通过比较美国、日本专利诉讼的优势,提出赋予法院以专利复审决定变更权。这样就可以解决专利确权行政保护与行政诉讼保护之间循环诉讼的问题。论文共分四个部分,首先对专利确权及其救济制度进行了概述,对专利确权的涵义、专利行政诉讼做整体介绍；其次,对现行专利确权救济制度进行理论剖析,从专利权的特殊属性与行政权力的契合、专利权行政保护的比较优势及国际公约的要求三个方面揭示了专利确权行政保护的合理性,又通过对专利确权的定性分析得出其非民事属性,应归入行政诉讼的范畴；第三部分通过对专利确权现状的解读及我国有关专利确权法律规范的规定反映出专利确权制度构建上的空缺,并介绍了相关专家学者的建议；最后,提出完善专利确权行政诉讼的路径,就是建立行政附带民事诉讼制度予以解决。而在具体操作中,首先分析了目前实践中三种主要做法,并对提出了设置完善专业的专利陪审员制度的构想。希望以此来解决目前专利复审决定与专利行政诉讼的衔接问题。同时赋予法院以专利复审决定变更权,来解决循环诉讼等问题。